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Projeto Descrição

relax is a program designed for the study of the dynamics of proteins and other macromolecules though the analysis of experimental NMR data. It supports exponential curve fitting for the calculation of the R1 and R2 relaxation rates, calculation of the NOE, reduced spectral density mapping, the Lipari and Szabo model-free analysis, study of domain motions via the N-state model (or ensemble analysis) and frame order dynamics theories using anisotropic NMR parameters such as RDCs and PCSs, the investigation of stereochemistry in dynamic ensembles, and the analysis of relaxation dispersion.

System Requirements

System requirement is not defined
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2013-02-14 07:23
2.2.2

Esta é uma liberação de bugfix menor que resolve um problema importante, introduzido em algum lugar dentro dos últimos que poucos relaxar lançamentos, através do qual relaxamento dados ausentes não é tratada corretamente em uma análise livre de modelo. Um número de outros pequenos bugs também foram corrigido.
Tags: Minor bugfixes
This is a minor bugfix release that resolves an important issue, introduced somewhere within the last few relax releases, whereby missing relaxation data is not handled properly in a model-free analysis. A number of other small bugs have also been fixed.

2013-02-02 18:02
2.2.1

Esta versão resolveu vários problemas, incluindo problemas de Python 3, PDB e estrutura de manipulação e faltando dados de relaxamento causando análises livre modelo falha. É altamente recomendado atualizar para esta versão mais recente.
Tags: Major bugfixes
This release solved a number of issues, including Python 3 issues, PDB and structure handling, and missing relaxation data causing model-free analyses to fail. Upgrading to this newest version is highly recommended.

2013-01-29 07:37
2.2.0

Este é um grande recurso e bugfix lançamento que marca a conclusão da implementação de análise do modelo de estado N. O modelo de estado N permite estruturas simples ou conjuntos de estruturas estáticos a ser analisados e comparados usando o acoplamento dipolar residual (ERD), turnos pseudo-contact (PCSs) e restrições de distância via nãos. Além de tensores de alinhamento, as populações ou as probabilidades de cada Estado podem ser otimizadas, bem como a posição do centro paramagnético quando PCSs são usados.
Tags: major feature release, Major bugfixes
This is a major feature and bugfix release that marks the completion of the N-state model analysis implementation. The N-state model allows single structures or ensembles of static structures to be analyzed and compared using residual dipolar couplings (RDCs), pseudo-contact shifts (PCSs), and distance restraints via NOEs. In addition to alignment tensors, the populations or probabilities of each state can be optimized, as well as the position of the paramagnetic center when PCSs are used.

2011-11-15 12:07
1.3.13

Esta é a segunda versão de relax GUI e é uma reescrita de código principal. Ele agora funciona no GNU/Linux, Mac OS X e MS Windows. Muitas correções de bugs, há melhorias para a teoria de ordem de quadro, análise do modelo N-Estados, manipulação de valores RDC e PCS, uma série de novas funções de usuário para sobreposição, deslocamento e criação de estrutura e para visualização de modelo-free resultado em PyMOL e um redesenho do auto-análises para ter todos os dados de entrada pré-carregado em um tubo de dados relax para suporte de moléculas orgânicas não-proteína em dauvergne_protocol auto-análise.
Tags: major feature release, gui release, major bug fixes
This is the second version of the relax GUI, and is a major code rewrite. It now functional on GNU/Linux, Mac OS X, and MS Windows. In addition to many bugfixes, there are improvements to the frame order theory, N-state model analysis, handling of RDC and PCS values, a number of new user functions for structure creation, displacement, and superimposition and for model-free result visualisation in PyMOL, and a redesign of the auto-analyses to have all input data pre-loaded into a relax data pipe for support of non-protein organic molecules in the dauvergne_protocol auto-analysis.

2011-08-24 21:13
1.3.12

Esta é uma versão principal característica. Acrescenta a capacidade de executar relaxar em clusters ou redes de computadores através do protocolo MPI. Este se funde no ramo Gary Thompson multi-processador, que foi iniciado o caminho de volta em 2007. O pacote "multi" introduz dois tecidos do processador, o modo padrão uni-processador e do modo mpi4py para usar o protocolo MPI com Python. O código de análise do modelo livre foi paralelizado para tirar proveito dos modos multi-processador, acelerando significativamente os cálculos em clusters com eficiência de escala quase perfeita.
Tags: major feature release
This is a major feature release. It adds the ability to run relax on clusters or grids of computers via the MPI protocol. This merges in Gary Thompson's multi-processor branch, which was started all the way back in 2007. The "multi" package introduces two processor fabrics, the standard uni-processor mode and the mpi4py mode for using the MPI protocol with Python. The model-free analysis code has been parallelized to take advantage of the multi-processor modes, significantly speeding up calculations on clusters with near perfect scaling efficiency.

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