陸上偵察機の効果を制空値に反映させる実装は1月に済んでいます。手元で確認してみましたが正しく計算されています。補給し忘れとかそんな感じではないでしょうか？
補給した、つまり機数最大の状態です。KancolleSnifferも最新のバージョン11.21を使用しています。
基地航空隊を組み直したのですが、それでも画像のように陸上偵察機の制空値補正が消えています。
https://gyazo.com/4ec9f6ccbfdc8a4a5869e6d23871d744
通常海域の基地で二式陸上偵察機（熟練ではない）を使って試してみましたが、
出撃も防空も制空値への補正が消えていました。
わかりました。補正が消えているのではありません。偵察機の対空+3が計上されていないんです。
通常の航空戦では偵察機や飛行艇などの制空値は計上されませんが、基地航空隊では計上されるのを見落としていました。
直します。
若干違いました。飛行艇などは計上していて、それに陸上偵察機を加えるのを忘れていただけです。
バージョン11.22で直ります。
KancolleSniffer
Fork
OSはWindows 10で、他にツールは併用していません。
第二航空隊に一式陸攻+7、一式陸攻（野中隊）+7、銀河+7、二式陸上偵察機（熟練）+2を配備しています。
https://twitter.com/MorimotoKou/status/1079009671497695232
によれば、二式陸上偵察（熟練）は出撃時に制空値に1.18倍の補正があり、
制空値は56～59となるはずですが、ツールの艦隊タブ上では48～50となっています。