詳細欄にあるエラーは，lualibs のアーカイブが不正だったことによるもののようなので，数日中に解決されると思います．
TL2013 ブランチで新 luaotfload, luatexbase に対応させるための作業をはじめました． まだ luaotfload の中身がよくわかっていないので手探り状態で，意図しない出力結果やエラーが大量に発生するかもしれません．
ご苦労様です． pretest の環境すら整えていないもので，すぐにはお役に立てなくてすみません． 最近はあまり開発をする気分になれなくて困っているのですが，余裕ができればこちらでも見てみたいと思います． その前に北川さんが全部やってしまうかもですが．
この2点と，em size !=1000 のフォントで出力サイズが変わってしまう （TeX フォーラムの記事，議論中） 点以外はあんまり見かけ上問題が無いように見えるのですが，どこか見落としていないかなあ．
せっかく #31147 で直した三点リーダー等の位置の問題が働かなくなってしまっています．
望ましい CID 668 番のグリフが見えなくなっている様子． "Japan1.668" でも U+2026 => CID 124 にしかアクセスできない．
報告しておきました．ついでに，その時に使ったファイルを kozuka-fwid.tar.gz として載せておきます．
ようやくやる気が出てきたので，pretest 環境を準備してみようと思います．
ちなみに，TeX Live 2012 以前との互換性は落としてしまうのですか？ 現時点でも TL2013 ブランチを使うと 2012 環境ではエラーが出てしまいます．
! LuaTeX error ...me/kmaeda/texmf/tex/luatex/luatexja/src/luatexja.lua:52: atte mpt to call field 'newuserwhatsit' (a nil value) stack traceback: ...me/kmaeda/texmf/tex/luatex/luatexja/src/luatexja.lua:52: in main chunk [C]: in function 'dofile' <\directlua >:1: in main chunk.
ちなみに，TeX Live 2012 以前との互換性は落としてしまうのですか？
全く気にしていませんでした．勝手な考えですが，master では切ってもそんなに問題はないかな，と思っています：
pretest を入れてみました． なんだか ~/.texlive2013/texmf-var を自分で作らないと，luaotfload が "quiting: fix your writable cache path" と出して終了してしまいました． luaotfload は rev 30313 みたいです．luaotfload-merged.lua でキャッシュが書き込めるかの判定で失敗している？
TL2013 ブランチでとりあえず今書いている手元の文章をタイプセットしてみましたが， 特に問題はなさそうに見えます． もう少し色々試してみます．
なんだか ~/.texlive2013/texmf-var を自分で作らないと，luaotfload が "quiting: fix your writable cache path" と出して終了してしまいました．
ちょうど今日の 1 時に投稿されていた [tex-live] Latest luaotfload-tool problem と似たような感じでしょうかね．
もう少し色々試してみます．
数個上のコメントで書いたように，小塚で「…」の全角形が出せないという問題があります．
# LuaTeX-ja というより，luaotfload 側の問題の様子．
フォントを埋め込んでいる場合はあんまり問題が無さそうですが， 心配なのは非埋め込みフォント周りと，TrueType フォントでの \CID（非埋め込みフォントの情報を使う）です．
em size による文字サイズの件， \fontspec{ipam.ttf} で作ったキャッシュだと小さくなって，\fontspec{IPAMincho} で作ったキャッシュだと問題ないような感じがします． あと，なんだか /usr/share/fonts/ja-ipafonts/ipam.ttf がある状態でフォント名データベースを作ると？ \fontspec で BoldFont, ItalicFont, BoldItalicFont を全て指定しないと毎回キャッシュを保存する動作をしているような．発動条件の詳細は不明です．
文字サイズの件，キャッシュの差分を取ってわかったのですが，format が opentype だと小さくなるみたいです．truetype に変えてみると問題ありません．
em size による文字サイズ
CID 668 番のグリフが見えなくなっている
luaotfload 公式 で修正が進められています．後者については修正されたようです．前者についても，一部のフォントにまだ対応できていないようですが， IPA フォントについてはもう大丈夫だと思います．
そろそろ落ち着いてきたような気がしますので，今日 (5/14) の夜か明日 (5/15) の朝にでもリリースしようと思っています．
いつのまにか TeX Live のスケジュールが
27may: complete freeze for final build, no more updates, final doc tweaks, always more testing.
と延びていますね．
この際ついでにですが，各パッケージのバージョン番号はどうしましょうか． 今のところ
Fork\ProvidesPackage{luatexja-core}[2012/04/20 v0.2]
みたいな感じになっていますが，リリース時のバージョン番号 (v20130514.0 など) で統一するのもありかな，と思っています．
というか，日付の部分だけあれば，バージョン番号はいらない？LuaTeX-ja 関係ないですが，rev 30425 の luaotfload で試してみると，fontspec で IPAexMincho を使うときに CJKShape の指定がうまく効かないです． luaotfload か fontspec かどちらの問題なのか．
\documentclass{article}
\usepackage{fontspec}
\begin{document}
\fontspec[CJKShape=JIS1990]{IPAexMincho} 辻 % 2点
\fontspec[RawFeature={+jp90}]{IPAexMincho} 辻 % 2点
\fontspec[RawFeature={script=latn;+jp90}]{IPAexMincho} 辻 % 1点
\end{document}
kmaeda への返信
LuaTeX-ja 関係ないですが，rev 30425 の luaotfload で試してみると，fontspec で IPAexMincho を使うときに CJKShape の指定がうまく効かないです．
luaotfload のみで再現．
\input luaotfload.sty
\message{A1}\font\i=IPAexMincho \i 辻
\message{A2}\font\i=IPAexMincho:jp90 \i 辻
\message{A3}\font\i=IPAexMincho:script=dflt \i 辻
\message{A4}\font\i=IPAexMincho:script=dflt;+jp90 \i 辻
\message{A5}\font\i=IPAexMincho:script=latn \i 辻
\message{A6}\font\i=IPAexMincho:script=latn;+jp90 \i 辻 % これのみ一点辻
\end
そういえば，小塚の三点リーダも，デフォルトでは全角字形になりましたが，"CharacterWidth=Proportional" と fontspec で指定すると
************************************************* * fontspec warning: "icu-feature-not-exist-in-font" * * OpenType feature 'CharacterWidth=Proportional' (+pwid) not available for * font 'KozMinPr6N-Regular' with script '' and language ''. *************************************************と出て，無効化されてしまうようです． "RawFeature=+pwid" や，fontspec を経由しないと大丈夫なのですが．
申し訳ないですが，上流へのバグ報告お願い出来ますか？
申し訳ないですが，上流へのバグ報告お願い出来ますか？
luatex ML でいいですかね．あとで投げてみます．
20130515.0 を出しました．TL2013 ブランチはもういらないので，近日中に削除しようと思っています．
各パッケージのバージョン番号
.sty は 2013/05/14 に，.lua は実際の内容の修正が最後に行われた日付にしました．
TL2013 pretest に20130515.0が入ったので試してみたところ，正しく動作することを確認しました．
ついでに，先の CJKShape の問題は次のバージョンの fontspec では修正済みのようです． まだ CTAN には上がっていないようですが．
完了としておきます．
2013/5/5 の lualibs, luaotfload のアップデートで，LuaTeX-ja が動作しなくなりました． 例えば，
のようなエラーが出ます． luaotfload は最新の ConTeXt ベースにコードが書きなおされているのが心配．取り急ぎ報告まで．