From hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp Mon Aug 9 17:14:50 2004 From: hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp (Yukinobu Hamuro) Date: Mon, 09 Aug 2004 17:14:50 +0900 Subject: [Musashi-devel 1] GraphML Message-ID: <200408090814.AA01654@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> 羽室です。 鷲尾先生の研究室で作成されまたGraphMLに関する資料を添付します。 MUSASHIで扱うグラフ構造の記述については、GraphMLを利用していく計画です。 こちらのGraphMLに関する計画は、 ・XMLtable→GraphMLのコマンド作成(単純な構造のみ対応) ・AGMを利用した簡単な応用例の開発 といった感じです。 Graphの描画につきましては、 http://c2.com/cgi/wiki?GraphViz http://warriors.eecs.umich.edu/viz_tools/otter.html などがあるようです。 GraphVizは結構使い勝手がよく、GraphMLからの変換コマンドがあればよいかとも考えています。 グラフの描画＆ハンドリングにつきましては、園部さんが手がけられていますが、 GraphMLへの対応を検討いただければと思いますが、どうでしょうか？ 今後このMLにてGraphMLについていろいろと議論ができればと考えています。 よろしくお願いします。 ps. 遅くなりましたが、今回の作業が終わった段階でMUSASHI-CORE 1.0.4をリリースしようと考えています。 ---- Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp -------------- next part -------------- テキスト形式以外の添付ファイルを保管しました... ファイル名: graphpmml.lzh 型: application/octet-stream サイズ: 91728 バイト 説明: 無し URL: http://lists.sourceforge.jp/mailman/archives/musashi-devel/attachments/20040809/03e98269/attachment.obj From washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp Tue Aug 10 05:08:24 2004 From: washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp (Takashi Washio) Date: Tue, 10 Aug 2004 05:08:24 +0900 Subject: [Musashi-devel 2] Re: GraphML In-Reply-To: <200408090814.AA01654@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> Message-ID: <5.1.1.8.2.20040810045727.00d275a8@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> 鷲尾です。 以下、ありがとうございます。GraphVizはよさそうですね。描画専用に考えられ ており、グラフ描画はロボット言語のようなDOTで描く構成ですね。おっしゃる ようにデータ記述用のGraphMLとの間で変換できると便利そうです。 ただし、GraphMLが表せるデータ構造でノードやエッジのベクトルラベルが付 いているようなデータがＤＯＴでは表せない。逆にＤＯＴが表現可能な階層的 なグラフ記述（グラフのブロックを書く手続きを定義して、それをサブルーチン のようにあちこちで呼んで、複数の箇所に描く）が、GraphMLではできない。な ので、まずは両者に共通する部分だけの変換しかない思います。この違いは、 GraphMLがグラフをデータとして表現することが目的であるのに対し、ＤＯＴ はグラフを描く目的の一種のロボット言語であることから来ているようです。 それぞれの目的に応じてたくさんの表現方法があるので、それら相互の間の 変換ツールを作るのは大変ですが、仕方ないのでしょうね。XMLtable→GraphML も、おっしゃるようにまずは簡単なところからはじめるべきですね。とりあえず、 最低限動くものを作って、必要に応じてＶｅｒＵｐしていくということでしょうね。 >鷲尾先生の研究室で作成されまたGraphMLに関する資料を添付します。 >MUSASHIで扱うグラフ構造の記述については、GraphMLを利用していく計画です。 > >こちらのGraphMLに関する計画は、 >・XMLtable→GraphMLのコマンド作成(単純な構造のみ対応) >・AGMを利用した簡単な応用例の開発 >といった感じです。 > >Graphの描画につきましては、 >http://c2.com/cgi/wiki?GraphViz >http://warriors.eecs.umich.edu/viz_tools/otter.html >などがあるようです。 >GraphVizは結構使い勝手がよく、GraphMLからの変換コマンドがあればよいかとも考えています。 > >グラフの描画＆ハンドリングにつきましては、園部さんが手がけられていますが、 >GraphMLへの対応を検討いただければと思いますが、どうでしょうか？ > >今後このMLにてGraphMLについていろいろと議論ができればと考えています。 > >よろしくお願いします。 > >ps. >遅くなりましたが、今回の作業が終わった段階でMUSASHI-CORE 1.0.4をリリースしようと考えています。 > >---- >Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp > >_______________________________________________ >Musashi-devel mailing list >Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel From fuja2 ＠ bj8.so-net.ne.jp Tue Aug 10 08:12:45 2004 From: fuja2 ＠ bj8.so-net.ne.jp (sonobe kazuo) Date: Tue, 10 Aug 2004 08:12:45 +0900 Subject: [Musashi-devel 3] Re: GraphML In-Reply-To: <200408090814.AA01654@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> References: <200408090814.AA01654@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> Message-ID: <200408100812.45670.fuja2@bj8.so-net.ne.jp> おはようございます。園部です。 月曜日 09 8月 2004 05:14 午後、Yukinobu Hamuro さんは書きました: > 羽室です。 > > 鷲尾先生の研究室で作成されまたGraphMLに関する資料を添付します。 > MUSASHIで扱うグラフ構造の記述については、GraphMLを利用していく計画です。 > > こちらのGraphMLに関する計画は、 > ・XMLtable→GraphMLのコマンド作成(単純な構造のみ対応) > ・AGMを利用した簡単な応用例の開発 > といった感じです。 > > Graphの描画につきましては、 > http://c2.com/cgi/wiki?GraphViz > http://warriors.eecs.umich.edu/viz_tools/otter.html > などがあるようです。 > GraphVizは結構使い勝手がよく、GraphMLからの変換コマンドがあればよいかとも考えています。 > > グラフの描画＆ハンドリングにつきましては、園部さんが手がけられていますが、 > GraphMLへの対応を検討いただければと思いますが、どうでしょうか？ そのつもりで資料を読み始めました。 GraphVizは確かに便利そうですね。他ツールの良い所は積極的に取り入れていこうと思って いるので参考になります。 > 今後このMLにてGraphMLについていろいろと議論ができればと考えています。 > > よろしくお願いします。 > > ps. > 遅くなりましたが、今回の作業が終わった段階でMUSASHI-CORE 1.0.4をリリースしようと考えています。 > > ---- > Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp よろしくお願いいたします。 -- ／　kazuo sonobe ☆ ／　信号処理技術の解説ページ「蜂波の眼」作成中 ☆ 　　 From hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp Tue Aug 10 16:29:01 2004 From: hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp (Yukinobu Hamuro) Date: Tue, 10 Aug 2004 16:29:01 +0900 Subject: [Musashi-devel 4] Re: GraphML In-Reply-To: <200408100812.45670.fuja2@bj8.so-net.ne.jp> References: <200408100812.45670.fuja2@bj8.so-net.ne.jp> Message-ID: <200408100729.AA01667@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> 園部様、羽室です。 活発な議論ができればと期待しております。 今後ともよろしくお願いします。 sonobe kazuo さんは書きました: >おはようございます。園部です。 > >月曜日 09 8月 2004 05:14 午後、Yukinobu Hamuro さんは書きました: >> 羽室です。 >> >> 鷲尾先生の研究室で作成されまたGraphMLに関する資料を添付します。 >> MUSASHIで扱うグラフ構造の記述については、GraphMLを利用していく計画です。 >> >> こちらのGraphMLに関する計画は、 >> ・XMLtable→GraphMLのコマンド作成(単純な構造のみ対応) >> ・AGMを利用した簡単な応用例の開発 >> といった感じです。 >> >> Graphの描画につきましては、 >> http://c2.com/cgi/wiki?GraphViz >> http://warriors.eecs.umich.edu/viz_tools/otter.html >> などがあるようです。 >> GraphVizは結構使い勝手がよく、GraphMLからの変換コマンドがあればよいかとも考えています。 >> >> グラフの描画＆ハンドリングにつきましては、園部さんが手がけられていますが、 >> GraphMLへの対応を検討いただければと思いますが、どうでしょうか？ > >そのつもりで資料を読み始めました。 >GraphVizは確かに便利そうですね。他ツールの良い所は積極的に取り入れていこうと思って >いるので参考になります。 > >> 今後このMLにてGraphMLについていろいろと議論ができればと考えています。 >> >> よろしくお願いします。 >> >> ps. >> 遅くなりましたが、今回の作業が終わった段階でMUSASHI-CORE 1.0.4をリリースしようと考えています。 >> >> ---- >> Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp > >よろしくお願いいたします。 > >-- > ／　kazuo sonobe >☆ ／　信号処理技術の解説ページ「蜂波の眼」作成中 >☆ 　　 > >_______________________________________________ >Musashi-devel mailing list >Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel > ---- Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp From hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp Tue Aug 10 16:26:55 2004 From: hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp (Yukinobu Hamuro) Date: Tue, 10 Aug 2004 16:26:55 +0900 Subject: [Musashi-devel 5] Re: GraphML In-Reply-To: <5.1.1.8.2.20040810045727.00d275a8@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> References: <5.1.1.8.2.20040810045727.00d275a8@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> Message-ID: <200408100726.AA01666@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> 鷲尾先生、羽室です。 はい、とりあえずは最低限の機能で動くものを作っていこうと思います。 さっそく質問させていただきたいことがあります。 非連結の２つのグラフがあったとすると、それぞれ別々の要素で記述しなければならないのでしょうか？ それとも一つの要素内に複数の非連結グラフを含めても問題はないでしょうか？ もし問題ないとすれば、GRAPH-TYPEは何を選べばよろしいでしょうか？ 基本的なことで申し訳ありませんが、よろしくお願いします。 Takashi Washio さんは書きました: >鷲尾です。 > >以下、ありがとうございます。GraphVizはよさそうですね。描画専用に考えられ >ており、グラフ描画はロボット言語のようなDOTで描く構成ですね。おっしゃる >ようにデータ記述用のGraphMLとの間で変換できると便利そうです。 > >ただし、GraphMLが表せるデータ構造でノードやエッジのベクトルラベルが付 >いているようなデータがＤＯＴでは表せない。逆にＤＯＴが表現可能な階層的 >なグラフ記述（グラフのブロックを書く手続きを定義して、それをサブルーチン >のようにあちこちで呼んで、複数の箇所に描く）が、GraphMLではできない。な >ので、まずは両者に共通する部分だけの変換しかない思います。この違いは、 >GraphMLがグラフをデータとして表現することが目的であるのに対し、ＤＯＴ >はグラフを描く目的の一種のロボット言語であることから来ているようです。 > >それぞれの目的に応じてたくさんの表現方法があるので、それら相互の間の >変換ツールを作るのは大変ですが、仕方ないのでしょうね。XMLtable→GraphML >も、おっしゃるようにまずは簡単なところからはじめるべきですね。とりあえず、 >最低限動くものを作って、必要に応じてＶｅｒＵｐしていくということでしょうね。 > >>鷲尾先生の研究室で作成されまたGraphMLに関する資料を添付します。 >>MUSASHIで扱うグラフ構造の記述については、GraphMLを利用していく計画です。 >> >>こちらのGraphMLに関する計画は、 >>・XMLtable→GraphMLのコマンド作成(単純な構造のみ対応) >>・AGMを利用した簡単な応用例の開発 >>といった感じです。 >> >>Graphの描画につきましては、 >>http://c2.com/cgi/wiki?GraphViz >>http://warriors.eecs.umich.edu/viz_tools/otter.html >>などがあるようです。 >>GraphVizは結構使い勝手がよく、GraphMLからの変換コマンドがあればよいかとも考えています。 >> >>グラフの描画＆ハンドリングにつきましては、園部さんが手がけられていますが、 >>GraphMLへの対応を検討いただければと思いますが、どうでしょうか？ >> >>今後このMLにてGraphMLについていろいろと議論ができればと考えています。 >> >>よろしくお願いします。 >> >>ps. >>遅くなりましたが、今回の作業が終わった段階でMUSASHI-CORE 1.0.4をリリースしようと考えています。 >> >>---- >>Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp >> >>_______________________________________________ >>Musashi-devel mailing list >>Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >>http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel > > >_______________________________________________ >Musashi-devel mailing list >Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel > ---- Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp From washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp Tue Aug 10 20:37:59 2004 From: washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp (Takashi Washio) Date: Tue, 10 Aug 2004 20:37:59 +0900 Subject: [Musashi-devel 6] Re: GraphML In-Reply-To: <200408100726.AA01666@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> References: <5.1.1.8.2.20040810045727.00d275a8@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> <5.1.1.8.2.20040810045727.00d275a8@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> Message-ID: <5.1.1.8.2.20040810203455.00d366f0@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> 羽室先生 >非連結の２つのグラフがあったとすると、それぞれ別々の要素で記述しなければならないのでしょうか？ >それとも一つの要素内に複数の非連結グラフを含めても問題はないでしょうか？ 後者です。１つの要素内にvertexタグとedgeタグで定義します。 幾つかのvetexが、edgeタグで定義されるグラフのエッジによって 別の部分と接続していなければ、自ずと非連結グラフになります。 >もし問題ないとすれば、GRAPH-TYPEは何を選べばよろしいでしょうか？ 元データのグラフであれば、 MINING-STATUSがoriginal、GRAPH-TYPEがgraphになります。 何なりとお聞きください。 鷲尾 From hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp Wed Aug 11 10:32:11 2004 From: hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp (Yukinobu Hamuro) Date: Wed, 11 Aug 2004 10:32:11 +0900 Subject: [Musashi-devel 7] Re: GraphML In-Reply-To: <5.1.1.8.2.20040810203455.00d366f0@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> References: <5.1.1.8.2.20040810203455.00d366f0@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> Message-ID: <200408110132.AA01673@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> 鷲尾先生、羽室です。 ご回答ありがとうございます。 よくわかりました。 Takashi Washio さんは書きました: >羽室先生 > >>非連結の２つのグラフがあったとすると、それぞれ別々の要素で記述しなければならないのでしょうか？ >>それとも一つの要素内に複数の非連結グラフを含めても問題はないでしょうか？ > >後者です。１つの要素内にvertexタグとedgeタグで定義します。 >幾つかのvetexが、edgeタグで定義されるグラフのエッジによって >別の部分と接続していなければ、自ずと非連結グラフになります。 > >>もし問題ないとすれば、GRAPH-TYPEは何を選べばよろしいでしょうか？ > >元データのグラフであれば、 >MINING-STATUSがoriginal、GRAPH-TYPEがgraphになります。 > >何なりとお聞きください。 > >鷲尾 > > >_______________________________________________ >Musashi-devel mailing list >Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel > ---- Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp From hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp Wed Aug 11 19:12:41 2004 From: hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp (Yukinobu Hamuro) Date: Wed, 11 Aug 2004 19:12:41 +0900 Subject: [Musashi-devel 8] Re: GraphML In-Reply-To: <5.1.1.8.2.20040810203455.00d366f0@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> References: <5.1.1.8.2.20040810203455.00d366f0@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> Message-ID: <200408111012.AA01701@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> 鷲尾先生、羽室です。 先ほどpmmlagm(GraphML対応版)をMUSASHIのCVSに登録しました。 MUSASHIのページよりたどれば閲覧＆Download可能です。 ソースは一切さわっていません。 唯一、helpファイルの位置を {$top}/help以下に移動しました。 ２つほど提案があります。 1. ネーミングについてですが、以前に相談させていただいてpmmlagmとしたのですが、単にagmでもいいかなという気が今になってしてきました。 2. プログラムを何のパラメータも指定せずに起動しますと、入力ファイル名と出力ファイル名を聞いてくる仕様になっているようですが、 前後のコマンドとのパイプの連結を考えますと問題だと思います。 ファイル名の指定がなければ標準入出力を対象とするように変更は可能でしょうか？ もしお忙しいようでしたら、簡単なことなのでこちらで修正します。 ご検討のほどよろしくお願いします。 ---- Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp From washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp Thu Aug 12 14:01:34 2004 From: washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp (Takashi Washio) Date: Thu, 12 Aug 2004 14:01:34 +0900 Subject: [Musashi-devel 9] Re: GraphML In-Reply-To: <200408111012.AA01701@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> References: <5.1.1.8.2.20040810203455.00d366f0@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> <5.1.1.8.2.20040810203455.00d366f0@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> Message-ID: <5.1.1.8.2.20040812135246.06b1a8a8@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> 羽室先生 返信遅くなりました。登録ありがとうございます。 >唯一、helpファイルの位置を {$top}/help以下に移動しました。 上記、了解です。 >1. ネーミングについてですが、以前に相談させていただいてpmmlagmとしたのですが、単にagmでもいいかなという気が今になってしてきました。 はい、長いのでagmでも結構だと思います。 graphmlデータを読んでpmmlデータを出力するので、 pmml何々というネーミングはかえって誤解を招くかも知れません。 直接関係ないですが、羽室先生がお考えであったXMLのグラフデータを graphmlデータに変換するコマンドはある、あるいは作成中でしょうか。 結果のpmmlのグラフデータもXMLデータに変換するコマンドも最終的には いりますね。 >2. プログラムを何のパラメータも指定せずに起動しますと、入力ファイル名と出力ファイル名を聞いてくる仕様になっているようですが、 >前後のコマンドとのパイプの連結を考えますと問題だと思います。 >ファイル名の指定がなければ標準入出力を対象とするように変更は可能でしょうか？ >もしお忙しいようでしたら、簡単なことなのでこちらで修正します。 はい、パイプで使用するのが基本ですから、標準入出力にした方がいいですね。 もし変更いただければ大変助かります。 ---------------------------------------------------- 鷲尾　隆 大阪大学　産業科学研究所 〒567-0047 大阪府茨木市美穂ヶ丘8-1 Takashi Washio Institute for the Scientific and Industrial Research (I.S.I.R), Osaka University 8-1, Mihogaoka, Ibarakishi, Osaka 567-0047, Japan Phone : +81-6-6879-8541 Fax : +81-6-6879-8544 E-mail: washio ＠ sanken.osaka-u.ac.jp From hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp Fri Aug 13 15:19:03 2004 From: hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp (Yukinobu Hamuro) Date: Fri, 13 Aug 2004 15:19:03 +0900 Subject: [Musashi-devel 10] Re: GraphML In-Reply-To: <5.1.1.8.2.20040812135246.06b1a8a8@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> References: <5.1.1.8.2.20040812135246.06b1a8a8@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> Message-ID: <200408130619.AA01711@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> 鷲尾先生、羽室です。 >>1. ネーミングについてですが、以前に相談させていただいてpmmlagmとしたのですが、単にagmでもいいかなという気が今になってしてきました。 > >はい、長いのでagmでも結構だと思います。 >graphmlデータを読んでpmmlデータを出力するので、 >pmml何々というネーミングはかえって誤解を招くかも知れません。 そうなんです。 了解しました、プログラム名はagmに変更することにします。 >直接関係ないですが、羽室先生がお考えであったXMLのグラフデータを >graphmlデータに変換するコマンドはある、あるいは作成中でしょうか。 >結果のpmmlのグラフデータもXMLデータに変換するコマンドも最終的には >いりますね。 現在、XMLtableからGraphMLへの変換コマンドを作成中です。 ノードとエッジの情報を含む別々表形式ファイルからGraphMLを作るというものです。 「結果のPMMLのグラフデータもXMLデータに変換する」とは、結果のpmmlからGraphMLへの変換の話ですよね？ 今のところ考えていません。 変換が必要な理由は以下の２点だと思います。 1) PMMLを視覚化したいため 2) PMMLの一部を再利用するため（例えばグラフ要素のみを抜き出すなど） １については、他の決定木やアソシエーションルールなども同様ですが、専用の視覚化ツールが必要かと思います。 ２についてですが、これはXMLそのものをハンドリングするコマンドによって可能だと考えています。 現在のところMUSASHIではXMLのハンドリングコマンドが十分でないため難しいですが、XSLTなどを利用すれば可能です。 agmに特化して、グラフ部分のみをGraphMLに変換するというコマンドを作るのはありかとは思いますが。 (もちろんこれもXSLTを利用すれば可能ですが。) 後者に関連するかもしれないのですが、GraphMLにて、 Graph要素の属性として、mininigStatusとsupportが用意されているようですが、これらの属性はagmを想定した属性であり、 GraphMLを一般グラフの記述言語として考えたとき不適切ではないかと思うのですがどうでしょうか？ >>2. プログラムを何のパラメータも指定せずに起動しますと、入力ファイル名と出力ファイル名を聞いてくる仕様になっているようですが、 >>前後のコマンドとのパイプの連結を考えますと問題だと思います。 >>ファイル名の指定がなければ標準入出力を対象とするように変更は可能でしょうか？ >>もしお忙しいようでしたら、簡単なことなのでこちらで修正します。 > >はい、パイプで使用するのが基本ですから、標準入出力にした方がいいですね。 >もし変更いただければ大変助かります。 了解しました。 変更しておきます。 それとついでといっては何ですが、以前にAGMのお話を伺ったときに、導出するグラフのノード数の数を限定すれば速くなるという話があったと記憶しております。 現在のAGM上には反映されていないように思われますが、変更は可能でしょうか？ もしソース上の一部の変数をパラメータ化するだけでしたらこちらで対処可能です。 お申し付けください。 ---- Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp From hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp Fri Aug 13 16:27:45 2004 From: hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp (Yukinobu Hamuro) Date: Fri, 13 Aug 2004 16:27:45 +0900 Subject: [Musashi-devel 11] Vertex Message-ID: <200408130727.AA01713@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> 鷲尾先生、羽室です。 質問があります。 1.vertexLabel Vertex要素内にVertexLabel要素を「複数」記述可能な仕様になっていますが、 これはどういった場合（目的）に利用されるのでしょうか？ 2. 同様にEdgeのEdgeLabelですが、以下のa),b)の違いについて教えていただきたいのですが。 (Vertexについても同様です) a) b) 3. vertexIDとedgeIDですが、INT型のユニークであれば、番号は１から順番である必要はありませんか？ よろしくお願いします。 ---- Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp From washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp Sun Aug 15 16:49:31 2004 From: washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp (Takashi Washio) Date: Sun, 15 Aug 2004 16:49:31 +0900 Subject: [Musashi-devel 12] Re: GraphML In-Reply-To: <200408130619.AA01711@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> References: <5.1.1.8.2.20040812135246.06b1a8a8@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> <5.1.1.8.2.20040812135246.06b1a8a8@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> Message-ID: <5.1.1.8.2.20040815164007.065168c8@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> 羽室先生、光永君 出張に出ており、返信遅くなりました。 >現在、XMLtableからGraphMLへの変換コマンドを作成中です。 >ノードとエッジの情報を含む別々表形式ファイルからGraphMLを作るというものです。 > >「結果のPMMLのグラフデータもXMLデータに変換する」とは、結果のpmmlからGraphMLへの変換の話ですよね？ >今のところ考えていません。 >変換が必要な理由は以下の２点だと思います。 >1) PMMLを視覚化したいため >2) PMMLの一部を再利用するため（例えばグラフ要素のみを抜き出すなど） >１については、他の決定木やアソシエーションルールなども同様ですが、専用の視覚化ツールが必要かと思います。 >２についてですが、これはXMLそのものをハンドリングするコマンドによって可能だと考えています。 >現在のところMUSASHIではXMLのハンドリングコマンドが十分でないため難しいですが、XSLTなどを利用すれば可能です。 >agmに特化して、グラフ部分のみをGraphMLに変換するというコマンドを作るのはありかとは思いますが。 >(もちろんこれもXSLTを利用すれば可能ですが。) 上記了解です。１）の方がニーズは高いと思います。２）は必要性が高ければ作ってもいいですが、 当面はおっしゃるようにＸＳＬＴなどで間に合うと思います。 >後者に関連するかもしれないのですが、GraphMLにて、 >Graph要素の属性として、mininigStatusとsupportが用意されているようですが、これらの属性はagmを想定した属性であり、 >GraphMLを一般グラフの記述言語として考えたとき不適切ではないかと思うのですがどうでしょうか？ pmmlには必要ですが、おっしゃるようにGraphMLには必ずしも必要ないかもしれません。 単にグラフを表すという目的だけならば、mininigStatusとsupportは必要ないですね。 光永君、この点どうでしょうか？私は削除しても構わないと思いますが、不都合はありますか？ >それとついでといっては何ですが、以前にAGMのお話を伺ったときに、導出するグラフのノード数の数を限定すれば速くなるという話があったと記憶しております。 >現在のAGM上には反映されていないように思われますが、変更は可能でしょうか？ >もしソース上の一部の変数をパラメータ化するだけでしたらこちらで対処可能です。 >お申し付けください。 確かに少ない数に限定すれば早くなると思います。 ただ再帰呼び出しでノード数を拡張するので、 ちょこっといじって何か戻り条件など問題を生じないか 調べる必要があります。こちらでやる必要があります。 ただ時間をいただけないでしょうか。 鷲尾 From washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp Sun Aug 15 16:54:39 2004 From: washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp (Takashi Washio) Date: Sun, 15 Aug 2004 16:54:39 +0900 Subject: [Musashi-devel 13] Re: Vertex In-Reply-To: <200408130727.AA01713@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> Message-ID: <5.1.1.8.2.20040815165009.0653dfd8@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> 鷲尾です。 >質問があります。 > >1.vertexLabel >Vertex要素内にVertexLabel要素を「複数」記述可能な仕様になっていますが、 >これはどういった場合（目的）に利用されるのでしょうか？ ラベルはベクトルになる場合があります。化学物質などの各原子の多次元座標などです。 他にもたくさん使用することが考えられます。我々や科学分野では必須の仕様です。 >2. >同様にEdgeのEdgeLabelですが、以下のa),b)の違いについて教えていただきたいのですが。 >(Vertexについても同様です) >a) > > > > > > > >b) > > > > a)はvertex 1からvertex２にedgeID 1とedgeID 2の二本のedgeが伸びています。 化学物質なら２重結合のようにです。 b)はvertex 1からvertex２にedgeID 1の１本のedgeが伸びていて、そのedgeに ２次元ベクトルのラベルが付いています。 >3. >vertexIDとedgeIDですが、INT型のユニークであれば、番号は１から順番である必要はありませんか？ > >よろしくお願いします。 必ず１からスタートしないといけないという制約をつけると、 グラフの一部を切り取ったりした場合にかえって不便になりませんか。 鷲尾 From mitti ＠ hcn.zaq.ne.jp Mon Aug 16 00:58:14 2004 From: mitti ＠ hcn.zaq.ne.jp (Yuki Mitsunaga) Date: Mon, 16 Aug 2004 00:58:14 +0900 Subject: [Musashi-devel 14] Re: GraphML References: <5.1.1.8.2.20040812135246.06b1a8a8@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> <5.1.1.8.2.20040812135246.06b1a8a8@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> <5.1.1.8.2.20040815164007.065168c8@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> Message-ID: <000d01c482e0$abf96530$d46e87d3@daburin> 光永です > >後者に関連するかもしれないのですが、GraphMLにて、 > >Graph要素の属性として、mininigStatusとsupportが用意されているようですが、 これらの属性はagmを想定した属性であり、 > >GraphMLを一般グラフの記述言語として考えたとき不適切ではないかと思うのです がどうでしょうか？ > > pmmlには必要ですが、おっしゃるようにGraphMLには必ずしも必要ないかもしれま せん。 > 単にグラフを表すという目的だけならば、mininigStatusとsupportは必要ないです ね。 > > 光永君、この点どうでしょうか？私は削除しても構わないと思いますが、不都合は ありますか？ > 削除しても不都合はないと思います、削除して構わないのではないでしょうか From hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp Mon Aug 16 10:47:42 2004 From: hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp (Yukinobu Hamuro) Date: Mon, 16 Aug 2004 10:47:42 +0900 Subject: [Musashi-devel 15] Re: Vertex In-Reply-To: <5.1.1.8.2.20040815165009.0653dfd8@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> References: <5.1.1.8.2.20040815165009.0653dfd8@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> Message-ID: <200408160147.AA01733@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> 鷲尾先生、羽室です。 ご回答ありがとうございます。 IDについても１から振るという制約はつけないほうがいいですね。 よくわかりました。 ありがとうございました。 >>1.vertexLabel >>Vertex要素内にVertexLabel要素を「複数」記述可能な仕様になっていますが、 >>これはどういった場合（目的）に利用されるのでしょうか？ > >ラベルはベクトルになる場合があります。化学物質などの各原子の多次元座標などです。 >他にもたくさん使用することが考えられます。我々や科学分野では必須の仕様です。 >>2. >>同様にEdgeのEdgeLabelですが、以下のa),b)の違いについて教えていただきたいのですが。 >>(Vertexについても同様です) >>a) >> >> >> >> >> >> >> >>b) >> >> >> >> > >a)はvertex 1からvertex２にedgeID 1とedgeID 2の二本のedgeが伸びています。 >化学物質なら２重結合のようにです。 > >b)はvertex 1からvertex２にedgeID 1の１本のedgeが伸びていて、そのedgeに >２次元ベクトルのラベルが付いています。 > > >>3. >>vertexIDとedgeIDですが、INT型のユニークであれば、番号は１から順番である必要はありませんか？ >> >>よろしくお願いします。 > >必ず１からスタートしないといけないという制約をつけると、 >グラフの一部を切り取ったりした場合にかえって不便になりませんか。 > >鷲尾 > > >_______________________________________________ >Musashi-devel mailing list >Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel > ---- Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp From hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp Mon Aug 16 10:53:46 2004 From: hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp (Yukinobu Hamuro) Date: Mon, 16 Aug 2004 10:53:46 +0900 Subject: [Musashi-devel 16] =?iso-2022-jp?b?eHQyZ21sGyRCJTMlXiVzJUkbKEI=?= Message-ID: <200408160153.AA01736@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> 鷲尾先生、羽室です。 現在、XMLtable→GraphMLの変換コマンドを作っていますが、 先の３つの質問の続きとして、確認の意味も含めまして意見をいただけたらと思います。 XMLtable→GraphMLでは、vertexとedgeの情報は別々のファイルにあることを前提とします。 そこで、vertexIDとEdgeのbgnVertexID,endVertexIDをいかにして同一のものと識別するかという点について、化学式と以下のような例とでは少し違いがあるような気 がしました。 現在こちらで想定しているデータは、例えばアソシエーションルールの結果をGraphMLで表現する場合で、 以下のようなものです。 ------- node.xt ------- ブランド 価格 売上数量 A 100 20 B 80 15 C 60 90 ------- edge.xt ------- ブランド１ ブランド２ confidence lift A B 0.7 1.0 B A 0.6 1.0 B C 0.8 2.1 C B 0.3 2.1 C A 0.5 1.2 A C 0.4 1.2 (confidenceは"directed"、liftは"undirected") xt2gmlコマンドは8つのパラメータを持ち、上記のファイルをGraphMLに変換すると 次のようになります(パラメータのキーワードは分かりやすいものに変えています)。 xt2gml -vertexFile node.xt -vertexID ブランド -vertexLabel 価格,売上数量 -edgeFile edge.xt -edgeBgnVertexID ブランド１ -edgeEndVertexID ブランド２ -edgeUndirectedLabel confidence -edgeUndirectedLabel lift -o result.gml 　　　　（-vertexLabel, -edgeUndirectedLabel, -edgeUndirectedLabelは省略可） 注）xt2gmlでは、-kというパラメータを用意しておりまして、複数のグラフ(Graph要素に対応)も変換可能ですが、ここでは簡単のために省いています。 結果は、以下の通りです。 ---------- result.gml ---------- : : : : : ===================================================================================== この場合、node.xtにおける「ブランド」はvertexIDとしての役割を担っています。 ただ、GraphMLではvertexIDはINT型なので、xt2gmlコマンドが内部的にINT番号を振り、「ブランド」はVertexLabelにします。 一方で、以前に送っていただいた化学式は、テーブルで表すと以下のようになると思われます。 -------- node2.xt -------- ID atomy 1 H 2 H 3 C 4 C 5 H 6 H -------- edge2.xt -------- ID1 ID2 bondtype 1 3 singlebond 2 3 singlebond 3 4 doublebond : : このデータを現在の仕様のxt2gmlで変換すると、Edgeについては問題ありませんが、Vertexは以下のようになり、 不必要なVertexLabel(ID)が含まれることになります。 この問題の解決法は２つだと思います。 1) 元データには必ずGraphMLにおけるvertexIDを含める。 　　例えばアソシエーションルールのような例であっても、各vertexにINT番号を以下のように振る。 　　ID ブランド 価格 売上数量 　　1 A 100 20 　　2 B 80 15 　　3 C 60 90 　そして、コマンドパラメータは以下のように変更し、前述のものと同様な結果が得られるように変更する。 　xt2gml -vertexID ID -vertexLabel ブランド,価格,売上数量 -edgeBgnVertexID ID1 -edgeEndVertexID ID2 (その他のパラメータは同じ) ~~ ~~~~~~~~ 2) vertexIDの問題はさほど大きくないと考え、現状のコマンド仕様を採用する。 方法1)の欠点は、データを用意するユーザにINTのIDを振る手間をかけてしまいます。 vertexだけでなくedgeの{bgn|end}VertexIDもINTのIDにする必要があります。 以上のようなことを考えながらxt2gmlコマンドを作成中です。 vertexIDの問題だけでなく、お気づきの点がありましたらご指摘ねがいます。 よろしくお願いします。 ---- Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp From hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp Mon Aug 16 10:59:24 2004 From: hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp (Yukinobu Hamuro) Date: Mon, 16 Aug 2004 10:59:24 +0900 Subject: [Musashi-devel 17] Re: GraphML In-Reply-To: <5.1.1.8.2.20040815164007.065168c8@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> References: <5.1.1.8.2.20040815164007.065168c8@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> Message-ID: <200408160159.AA01737@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> 羽室です。 >>「結果のPMMLのグラフデータもXMLデータに変換する」とは、結果のpmmlからGraphMLへの変換の話ですよね？ >>今のところ考えていません。 >>変換が必要な理由は以下の２点だと思います。 >>1) PMMLを視覚化したいため >>2) PMMLの一部を再利用するため（例えばグラフ要素のみを抜き出すなど） >>１については、他の決定木やアソシエーションルールなども同様ですが、専用の視覚化ツールが必要かと思います。 >>２についてですが、これはXMLそのものをハンドリングするコマンドによって可能だと考えています。 >>現在のところMUSASHIではXMLのハンドリングコマンドが十分でないため難しいですが、XSLTなどを利用すれば可能です。 >>agmに特化して、グラフ部分のみをGraphMLに変換するというコマンドを作るのはありかとは思いますが。 >>(もちろんこれもXSLTを利用すれば可能ですが。) > >上記了解です。１）の方がニーズは高いと思います。２）は必要性が高ければ作ってもいいですが、 >当面はおっしゃるようにＸＳＬＴなどで間に合うと思います。 １）については園部さんが開発されているツールに関連があると思われます。 またGraphVizなどを組み合わせるという手もあるかと思われます。 >確かに少ない数に限定すれば早くなると思います。 >ただ再帰呼び出しでノード数を拡張するので、 >ちょこっといじって何か戻り条件など問題を生じないか >調べる必要があります。こちらでやる必要があります。 >ただ時間をいただけないでしょうか。 了解いたしました。 musashi-Core-1.0.4では、現状のagmでリリースする方向で進めたいと思います。 ---- Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp From washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp Mon Aug 16 11:08:01 2004 From: washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp (Takashi Washio) Date: Mon, 16 Aug 2004 11:08:01 +0900 Subject: [Musashi-devel 18] Re: GraphML In-Reply-To: <000d01c482e0$abf96530$d46e87d3@daburin> References: <5.1.1.8.2.20040812135246.06b1a8a8@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> <5.1.1.8.2.20040812135246.06b1a8a8@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> <5.1.1.8.2.20040815164007.065168c8@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> Message-ID: <5.1.1.8.2.20040816110707.00d2fac0@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> 光永君 鷲尾です。この２つのタグ定義を削除したGraphML定義と例を 羽室先生と私に送ってもらえますか。 鷲尾 >光永です > >> >後者に関連するかもしれないのですが、GraphMLにて、 >> >Graph要素の属性として、mininigStatusとsupportが用意されているようですが、 >これらの属性はagmを想定した属性であり、 >> >GraphMLを一般グラフの記述言語として考えたとき不適切ではないかと思うのです >がどうでしょうか？ >> >> pmmlには必要ですが、おっしゃるようにGraphMLには必ずしも必要ないかもしれま >せん。 >> 単にグラフを表すという目的だけならば、mininigStatusとsupportは必要ないです >ね。 >> >> 光永君、この点どうでしょうか？私は削除しても構わないと思いますが、不都合は >ありますか？ >> > >削除しても不都合はないと思います、削除して構わないのではないでしょうか > > >_______________________________________________ >Musashi-devel mailing list >Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel From washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp Mon Aug 16 12:04:47 2004 From: washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp (Takashi Washio) Date: Mon, 16 Aug 2004 12:04:47 +0900 Subject: [Musashi-devel 19] =?iso-2022-jp?b?UmU6IHh0MmdtbCAbJEIlMyVeGyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJXMlSRsoQg==?= In-Reply-To: <200408160153.AA01736@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> Message-ID: <5.1.1.8.2.20040816113619.00cf7e98@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> 羽室先生 鷲尾です。 以下、大概理解しました。これはデータの厳密性というか、どこまでをデータに含め、 どこからをユーザーの任意にするかという問題に関わりますね。 下でおっしゃっている解決方法1)なら誰が見てもnode.xtとedge.xtの関係がわかり、 どれがvertexのＩＤかが記されていますから、データの曖昧性がないわけです。 解決方法2)の現状フォーマットの場合、どの項目を-vertexIDとしてオプション指定 するかで、まるでグラフというかデータの意味が変わってきますね。問題はこれが 好都合なことなのか、それとも不都合なことなのか、だと思います。 同じデータでも、ユーザーの都合で-vertexIDとするキーを柔軟に変えて扱いたい なら、現状の解決方法2)がいいと思います。しかし、そのような使用があまりないなら、 データ表現の曖昧性を排除する上から解決方法1)が望ましいでしょう。 現状、私達の問題では、解決方法2)のようにユーザーがキーを任意に指定する ようなデータや使い方は経験したことがないので、解決方法1)が望ましいと思って います。 羽室先生の場合、どうでしょうか。ユーザーがキーを任意に指定する解決方法2)の ようなニーズはあるのでしょうか。 鷲尾 >現在、XMLtable→GraphMLの変換コマンドを作っていますが、 >先の３つの質問の続きとして、確認の意味も含めまして意見をいただけたらと思います。 > >XMLtable→GraphMLでは、vertexとedgeの情報は別々のファイルにあることを前提とします。 >そこで、vertexIDとEdgeのbgnVertexID,endVertexIDをいかにして同一のものと識別するかという点について、化学式と以下のような例とでは少し違いがあるような気 >がしました。 > >現在こちらで想定しているデータは、例えばアソシエーションルールの結果をGraphMLで表現する場合で、 >以下のようなものです。 >------- >node.xt >------- >ブランド 価格 売上数量 >A 100 20 >B 80 15 >C 60 90 > >------- >edge.xt >------- >ブランド１ ブランド２ confidence lift >A B 0.7 1.0 >B A 0.6 1.0 >B C 0.8 2.1 >C B 0.3 2.1 >C A 0.5 1.2 >A C 0.4 1.2 >(confidenceは"directed"、liftは"undirected") > >xt2gmlコマンドは8つのパラメータを持ち、上記のファイルをGraphMLに変換すると >次のようになります(パラメータのキーワードは分かりやすいものに変えています)。 > >xt2gml -vertexFile node.xt -vertexID ブランド -vertexLabel 価格,売上数量 > -edgeFile edge.xt -edgeBgnVertexID ブランド１ -edgeEndVertexID ブランド２ > -edgeUndirectedLabel confidence -edgeUndirectedLabel lift -o result.gml >　　　　（-vertexLabel, -edgeUndirectedLabel, -edgeUndirectedLabelは省略可） >注）xt2gmlでは、-kというパラメータを用意しておりまして、複数のグラフ(Graph要素に対応)も変換可能ですが、ここでは簡単のために省いています。 > >結果は、以下の通りです。 >---------- >result.gml >---------- > : > > > > > > > > > > > > > > > > : > : > > > > > > > : > : >===================================================================================== >この場合、node.xtにおける「ブランド」はvertexIDとしての役割を担っています。 >ただ、GraphMLではvertexIDはINT型なので、xt2gmlコマンドが内部的にINT番号を振り、「ブランド」はVertexLabelにします。 > >一方で、以前に送っていただいた化学式は、テーブルで表すと以下のようになると思われます。 >-------- >node2.xt >-------- >ID atomy >1 H >2 H >3 C >4 C >5 H >6 H > >-------- >edge2.xt >-------- >ID1 ID2 bondtype >1 3 singlebond >2 3 singlebond >3 4 doublebond > : > : > >このデータを現在の仕様のxt2gmlで変換すると、Edgeについては問題ありませんが、Vertexは以下のようになり、 >不必要なVertexLabel(ID)が含まれることになります。 > > > > > >この問題の解決法は２つだと思います。 >1) 元データには必ずGraphMLにおけるvertexIDを含める。 >　　例えばアソシエーションルールのような例であっても、各vertexにINT番号を以下のように振る。 >　　ID ブランド 価格 売上数量 >　　1 A 100 20 >　　2 B 80 15 >　　3 C 60 90 >　そして、コマンドパラメータは以下のように変更し、前述のものと同様な結果が得られるように変更する。 >　xt2gml -vertexID ID -vertexLabel ブランド,価格,売上数量 -edgeBgnVertexID ID1 -edgeEndVertexID ID2 (その他のパラメータは同じ) > ~~ ~~~~~~~~ >2) vertexIDの問題はさほど大きくないと考え、現状のコマンド仕様を採用する。 > >方法1)の欠点は、データを用意するユーザにINTのIDを振る手間をかけてしまいます。 >vertexだけでなくedgeの{bgn|end}VertexIDもINTのIDにする必要があります。 > >以上のようなことを考えながらxt2gmlコマンドを作成中です。 >vertexIDの問題だけでなく、お気づきの点がありましたらご指摘ねがいます。 > >よろしくお願いします。 > >---- >Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp >_______________________________________________ >Musashi-devel mailing list >Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel From washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp Mon Aug 16 12:06:40 2004 From: washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp (Takashi Washio) Date: Mon, 16 Aug 2004 12:06:40 +0900 Subject: [Musashi-devel 20] Re: GraphML In-Reply-To: <200408160159.AA01737@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> References: <5.1.1.8.2.20040815164007.065168c8@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> <5.1.1.8.2.20040815164007.065168c8@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> Message-ID: <5.1.1.8.2.20040816120504.00cec7b8@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> >>確かに少ない数に限定すれば早くなると思います。 >>ただ再帰呼び出しでノード数を拡張するので、 >>ちょこっといじって何か戻り条件など問題を生じないか >>調べる必要があります。こちらでやる必要があります。 >>ただ時間をいただけないでしょうか。 >了解いたしました。 >musashi-Core-1.0.4では、現状のagmでリリースする方向で進めたいと思います。 羽室先生 上記、その方向でお願いします。次回バージョンでオプション指定できるように しましょう。現行、拙速に再帰ルーチンの戻り条件を書き換えるとバグが混入する 可能性大です。変更後は実際にいろんなデータを流して検証する必要があります。 鷲尾 From hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp Mon Aug 16 13:54:17 2004 From: hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp (Yukinobu Hamuro) Date: Mon, 16 Aug 2004 13:54:17 +0900 Subject: [Musashi-devel 21] =?iso-2022-jp?b?UmU6IHh0MmdtbCAbJEIlMyVeGyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJXMlSRsoQg==?= In-Reply-To: <5.1.1.8.2.20040816113619.00cf7e98@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> References: <5.1.1.8.2.20040816113619.00cf7e98@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> Message-ID: <200408160454.AA01740@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> 鷲尾先生、羽室です。 agmの利用者として矢田先生に質問した方がよいのかもしれません。 矢田先生はまだMUSASHI-develに登録されていないようで。。。 登録お願いできますか？＞矢田先生。 私の経験だけで話をしますと、方法１）によるものは混乱をきたすのではと考えています。 この問題はRDBでプライマリキー(entity)を項目の組み合わせで設定するか、 もしくはシーケンシャルな番号を裏で設定するかの差と同じような話だと思われます。 アソシエーションルールの例にありますように、通常、entityとしてのノード(すなわちユニークキー)が具体的なイメージ（例えば「ブランド」）として既にあると思わ れます。 にも関わらず、ノード番号を振りなおさなければならないというのは、「なんで？」といことになるような気がします。 化学式のように、元素記号だけではユニークにならないようなケースを示して初めて「なるほど」ということになるでしょうが。 >下でおっしゃっている解決方法1)なら誰が見てもnode.xtとedge.xtの関係がわかり、 >どれがvertexのＩＤかが記されていますから、データの曖昧性がないわけです。 はい、その通りですね。 >解決方法2)の現状フォーマットの場合、どの項目を-vertexIDとしてオプション指定 >するかで、まるでグラフというかデータの意味が変わってきますね。問題はこれが >好都合なことなのか、それとも不都合なことなのか、だと思います。 > >同じデータでも、ユーザーの都合で-vertexIDとするキーを柔軟に変えて扱いたい >なら、現状の解決方法2)がいいと思います。しかし、そのような使用があまりないなら、 >データ表現の曖昧性を排除する上から解決方法1)が望ましいでしょう。 同じデータについて、キーを変えるということは稀だと思います。 「キーを柔軟に変えれるように」-vertexIDというオプションでキーを指定させるようにしたのではなく、 むしろ、ユーザが「vertexをユニークに決める属性とは何か」を考えるとき、 私の経験上、例えば「ブランド」のような具体的なentityが存在するケースが多いと思い、解決案２が良いのではと考えました。 >現状、私達の問題では、解決方法2)のようにユーザーがキーを任意に指定する >ようなデータや使い方は経験したことがないので、解決方法1)が望ましいと思って >います。 そうですね。厳密に考えると解決案１の方が美しいですね。 >羽室先生の場合、どうでしょうか。ユーザーがキーを任意に指定する解決方法2)の >ようなニーズはあるのでしょうか。 はい、アソシエーションルールの例で示したようなケースを考えていましたので、 解決方法１がINTの番号をわざわさ振らなければならないという意味において、 解決方法２の方が自然かと思いました。 >>現在、XMLtable→GraphMLの変換コマンドを作っていますが、 >>先の３つの質問の続きとして、確認の意味も含めまして意見をいただけたらと思います。 >> >>XMLtable→GraphMLでは、vertexとedgeの情報は別々のファイルにあることを前提とします。 >>そこで、vertexIDとEdgeのbgnVertexID,endVertexIDをいかにして同一のものと識別するかという点について、化学式と以下のような例とでは少し違いがあるような気 >>がしました。 >> >>現在こちらで想定しているデータは、例えばアソシエーションルールの結果をGraphMLで表現する場合で、 >>以下のようなものです。 >>------- >>node.xt >>------- >>ブランド 価格 売上数量 >>A 100 20 >>B 80 15 >>C 60 90 >> >>------- >>edge.xt >>------- >>ブランド１ ブランド２ confidence lift >>A B 0.7 1.0 >>B A 0.6 1.0 >>B C 0.8 2.1 >>C B 0.3 2.1 >>C A 0.5 1.2 >>A C 0.4 1.2 >>(confidenceは"directed"、liftは"undirected") >> >>xt2gmlコマンドは8つのパラメータを持ち、上記のファイルをGraphMLに変換すると >>次のようになります(パラメータのキーワードは分かりやすいものに変えています)。 >> >>xt2gml -vertexFile node.xt -vertexID ブランド -vertexLabel 価格,売上数量 >> -edgeFile edge.xt -edgeBgnVertexID ブランド１ -edgeEndVertexID ブランド２ >> -edgeUndirectedLabel confidence -edgeUndirectedLabel lift -o result.gml >>　　　　（-vertexLabel, -edgeUndirectedLabel, -edgeUndirectedLabelは省略可） >>注）xt2gmlでは、-kというパラメータを用意しておりまして、複数のグラフ(Graph要素に対応)も変換可能ですが、ここでは簡単のために省いています。 >> >>結果は、以下の通りです。 >>---------- >>result.gml >>---------- >> : >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> : >> : >> >> >> >> >> >> >> : >> : >>===================================================================================== >>この場合、node.xtにおける「ブランド」はvertexIDとしての役割を担っています。 >>ただ、GraphMLではvertexIDはINT型なので、xt2gmlコマンドが内部的にINT番号を振り、「ブランド」はVertexLabelにします。 >> >>一方で、以前に送っていただいた化学式は、テーブルで表すと以下のようになると思われます。 >>-------- >>node2.xt >>-------- >>ID atomy >>1 H >>2 H >>3 C >>4 C >>5 H >>6 H >> >>-------- >>edge2.xt >>-------- >>ID1 ID2 bondtype >>1 3 singlebond >>2 3 singlebond >>3 4 doublebond >> : >> : >> >>このデータを現在の仕様のxt2gmlで変換すると、Edgeについては問題ありませんが、Vertexは以下のようになり、 >>不必要なVertexLabel(ID)が含まれることになります。 >> >> >> >> >> >>この問題の解決法は２つだと思います。 >>1) 元データには必ずGraphMLにおけるvertexIDを含める。 >>　　例えばアソシエーションルールのような例であっても、各vertexにINT番号を以下のように振る。 >>　　ID ブランド 価格 売上数量 >>　　1 A 100 20 >>　　2 B 80 15 >>　　3 C 60 90 >>　そして、コマンドパラメータは以下のように変更し、前述のものと同様な結果が得られるように変更する。 >>　xt2gml -vertexID ID -vertexLabel ブランド,価格,売上数量 -edgeBgnVertexID ID1 -edgeEndVertexID ID2 (その他のパラメータは同じ) >> ~~ ~~~~~~~~ >>2) vertexIDの問題はさほど大きくないと考え、現状のコマンド仕様を採用する。 >> >>方法1)の欠点は、データを用意するユーザにINTのIDを振る手間をかけてしまいます。 >>vertexだけでなくedgeの{bgn|end}VertexIDもINTのIDにする必要があります。 >> >>以上のようなことを考えながらxt2gmlコマンドを作成中です。 >>vertexIDの問題だけでなく、お気づきの点がありましたらご指摘ねがいます。 >> >>よろしくお願いします。 >> >>---- >>Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp >>_______________________________________________ >>Musashi-devel mailing list >>Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >>http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel > > >_______________________________________________ >Musashi-devel mailing list >Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel > ---- Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp From hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp Mon Aug 16 13:56:27 2004 From: hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp (Yukinobu Hamuro) Date: Mon, 16 Aug 2004 13:56:27 +0900 Subject: [Musashi-devel 22] Re: GraphML In-Reply-To: <5.1.1.8.2.20040816120504.00cec7b8@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> References: <5.1.1.8.2.20040816120504.00cec7b8@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> Message-ID: <200408160456.AA01741@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> 鷲尾先生、羽室です。 了解しました。 こちらでは、XMLtable→GraphML→AGM の流れを一通り実験しようと思います。 矢田先生にも協力いただいた方がよいかもしれません。 また報告させていただきます。 Takashi Washio さんは書きました: > >>>確かに少ない数に限定すれば早くなると思います。 >>>ただ再帰呼び出しでノード数を拡張するので、 >>>ちょこっといじって何か戻り条件など問題を生じないか >>>調べる必要があります。こちらでやる必要があります。 >>>ただ時間をいただけないでしょうか。 >>了解いたしました。 >>musashi-Core-1.0.4では、現状のagmでリリースする方向で進めたいと思います。 > >羽室先生 > >上記、その方向でお願いします。次回バージョンでオプション指定できるように >しましょう。現行、拙速に再帰ルーチンの戻り条件を書き換えるとバグが混入する >可能性大です。変更後は実際にいろんなデータを流して検証する必要があります。 > >鷲尾 > > >_______________________________________________ >Musashi-devel mailing list >Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel > ---- Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp From mitsunaga ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp Mon Aug 16 16:26:16 2004 From: mitsunaga ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp (Yuki Mitsunaga) Date: Mon, 16 Aug 2004 16:26:16 +0900 Subject: [Musashi-devel 23] =?iso-2022-jp?b?R3JhcGhNTCAbJEI9JEA1SEcbKEI=?= Message-ID: <200408160718.i7G7IYX12728@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> 光永です ご指摘いただいたGraph要素の属性を削除致しました 他にもお気づきになった点ありましたらどんどん指摘して頂けるとありがたいです よろしくお願いします -------------- next part -------------- テキスト形式以外の添付ファイルを保管しました... ファイル名: GraphML.lzh 型: application/octet-stream サイズ: 4557 バイト 説明: 無し URL: http://lists.sourceforge.jp/mailman/archives/musashi-devel/attachments/20040816/cb1de6cd/attachment.obj From hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp Mon Aug 16 19:11:10 2004 From: hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp (Yukinobu Hamuro) Date: Mon, 16 Aug 2004 19:11:10 +0900 Subject: [Musashi-devel 24] =?iso-2022-jp?b?UmU6IEdyYXBoTUwgGyRCPSQbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCQDVIRxsoQg==?= In-Reply-To: <200408160718.i7G7IYX12728@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> References: <200408160718.i7G7IYX12728@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> Message-ID: <200408161011.AA01743@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> 光永君、羽室です。 ありがとうございます。 Yuki Mitsunaga さんは書きました: >光永です > >ご指摘いただいたGraph要素の属性を削除致しました >他にもお気づきになった点ありましたらどんどん指摘して頂けるとありがたいです > >よろしくお願いします >______________________________________________________________________ > >_______________________________________________ >Musashi-devel mailing list >Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel ---- Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp From washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp Tue Aug 17 07:41:38 2004 From: washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp (Takashi Washio) Date: Tue, 17 Aug 2004 07:41:38 +0900 Subject: [Musashi-devel 25] =?iso-2022-jp?b?UmU6IHh0MmdtbCAgGyRCJTMbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJV4lcyVJGyhC?= In-Reply-To: <200408160454.AA01740@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> References: <5.1.1.8.2.20040816113619.00cf7e98@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> <5.1.1.8.2.20040816113619.00cf7e98@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> Message-ID: <5.1.1.8.2.20040817073401.00cf5348@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> 羽室先生 遅くなりました。 >私の経験だけで話をしますと、方法１）によるものは混乱をきたすのではと考えています。 >この問題はRDBでプライマリキー(entity)を項目の組み合わせで設定するか、 >もしくはシーケンシャルな番号を裏で設定するかの差と同じような話だと思われます。 さてどうしましょう？ 化学式のように一般的なグラフの場合には、entityとしてもvertexにユニークな キーが付けられません。またネットワークの例題などで、同様な事態が考えられます。 それに対して >>> >>> >>> >>> こういう変換になるのは使いづらい気がします。もっとも、MUSASHIテーブルで グラフデータを表すことは少ないかも知れません。逆にいうと一般的なグラフに 関してMUSASHIテーブルのような表で表すことの限界かも知れませんね。やは り、一般的なトポロジーが問題になるようなグラフデータには、表ではなくGraphML そのものの表現が必要になるし、xt2gmlを使うべきではないのかも知れません。 あくまでユニークキーを既存のデータ項目として書ける範囲の表で表されるもの について、xt2gmlを使うという風に割り切れば、解決策2)でもいいと思います。 鷲尾 From washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp Tue Aug 17 08:31:47 2004 From: washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp (Takashi Washio) Date: Tue, 17 Aug 2004 08:31:47 +0900 Subject: [Musashi-devel 26] =?iso-2022-jp?b?UmU6IEdyYXBoTUwgIBskQj0kGyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCQDVIRxsoQg==?= In-Reply-To: <200408160718.i7G7IYX12728@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.j p> Message-ID: <5.1.1.8.2.20040817083100.00ce16d0@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> 光永君 以下、忙しいところありがとう。 >光永です > >ご指摘いただいたGraph要素の属性を削除致しました >他にもお気づきになった点ありましたらどんどん指摘して頂けるとありがたいです > >よろしくお願いします >_______________________________________________ >Musashi-devel mailing list >Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel 鷲尾 From hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp Tue Aug 17 09:21:57 2004 From: hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp (Yukinobu Hamuro) Date: Tue, 17 Aug 2004 09:21:57 +0900 Subject: [Musashi-devel 27] =?iso-2022-jp?b?UmU6IHh0MmdtbCAgGyRCJTMbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJV4lcyVJGyhC?= In-Reply-To: <5.1.1.8.2.20040817073401.00cf5348@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> References: <5.1.1.8.2.20040817073401.00cf5348@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> Message-ID: <200408170021.AA01747@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> 鷲尾先生、羽室です。 >さてどうしましょう？ >化学式のように一般的なグラフの場合には、entityとしてもvertexにユニークな >キーが付けられません。またネットワークの例題などで、同様な事態が考えられます。 > >それに対して > >>>> >>>> >>>> >>>> >こういう変換になるのは使いづらい気がします。もっとも、MUSASHIテーブルで >グラフデータを表すことは少ないかも知れません。逆にいうと一般的なグラフに >関してMUSASHIテーブルのような表で表すことの限界かも知れませんね。やは はい、全くその通りですね。 私もそのように思いました。 >り、一般的なトポロジーが問題になるようなグラフデータには、表ではなくGraphML >そのものの表現が必要になるし、xt2gmlを使うべきではないのかも知れません。 >あくまでユニークキーを既存のデータ項目として書ける範囲の表で表されるもの >について、xt2gmlを使うという風に割り切れば、解決策2)でもいいと思います。 なるほど。 確かに化学式などを扱う人がグラフをテーブルで表していることはないのでしょうね。 その分野ではむしろ、グラフを表現する他の言語からの変換ツールを用意すべきですね。 一つの解決策として、美しくはないのですが、あるオプションを指定すればVertexIDで指定したパラメータが VertexLabelに出力されないようにしようと思います。 これにより、上記のVertex要素は、以下のようになり問題は回避できます。 また私一人の思い込みの可能性も捨てきれませんので、矢田先生の意見も反映させたいと思います。 矢田先生このあたりどうですか？ いろいろとご指摘ありがとうございました。 ---- Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp From washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp Tue Aug 17 18:23:29 2004 From: washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp (Takashi Washio) Date: Tue, 17 Aug 2004 18:23:29 +0900 Subject: [Musashi-devel 28] =?iso-2022-jp?b?UmU6IHh0MmdtbCAgIBskQiUzGyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJV4lcyVJGyhC?= In-Reply-To: <200408170021.AA01747@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> References: <5.1.1.8.2.20040817073401.00cf5348@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> <5.1.1.8.2.20040817073401.00cf5348@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> Message-ID: <5.1.1.8.2.20040817182158.06c343b8@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> 羽室先生 はい、矢田先生のご意見を踏まえて最終的に決めてください。 私は確かに美しくないけど以下で結構ですし、解決策2)でも結構と思います。 鷲尾 一つの解決策として、美しくはないのですが、あるオプションを指定すればVertexIDで指定したパラメータが >VertexLabelに出力されないようにしようと思います。 >これにより、上記のVertex要素は、以下のようになり問題は回避できます。 > > > > >また私一人の思い込みの可能性も捨てきれませんので、矢田先生の意見も反映させたいと思います。 >矢田先生このあたりどうですか？ > >いろいろとご指摘ありがとうございました。 From hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp Tue Aug 17 22:01:33 2004 From: hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp (Yukinobu Hamuro) Date: Tue, 17 Aug 2004 22:01:33 +0900 Subject: [Musashi-devel 29] =?iso-2022-jp?b?UmU6IHh0MmdtbCAgIBskQiUzGyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJV4lcyVJGyhC?= In-Reply-To: <5.1.1.8.2.20040817182158.06c343b8@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> References: <5.1.1.8.2.20040817182158.06c343b8@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> Message-ID: <200408171301.AA01752@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> 鷲尾先生、羽室です。 了解いたしました。 Takashi Washio さんは書きました: >羽室先生 > >はい、矢田先生のご意見を踏まえて最終的に決めてください。 >私は確かに美しくないけど以下で結構ですし、解決策2)でも結構と思います。 > >鷲尾 > >一つの解決策として、美しくはないのですが、あるオプションを指定すればVertexIDで指定したパラメータが >>VertexLabelに出力されないようにしようと思います。 >>これにより、上記のVertex要素は、以下のようになり問題は回避できます。 >> >> >> >> >>また私一人の思い込みの可能性も捨てきれませんので、矢田先生の意見も反映させたいと思います。 >>矢田先生このあたりどうですか？ >> >>いろいろとご指摘ありがとうございました。 > > >_______________________________________________ >Musashi-devel mailing list >Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel > ---- Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp From hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp Fri Aug 20 16:27:09 2004 From: hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp (Yukinobu Hamuro) Date: Fri, 20 Aug 2004 16:27:09 +0900 Subject: [Musashi-devel 30] GraphID Message-ID: <200408200727.AA01770@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> 鷲尾先生、羽室です。 Graph要素について質問(提案）があります。 現在Graph要素で示される各グラフの識別はgraphID属性でおこなうようになっています。 これはよいのですが、そのIDに対するラベルを記述できるようにしてはと思うのですがどうでしょうか？ たぶん以下のような感じになると思うのですが。。。 よろしくお願いします。 ---- Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp From hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp Sat Aug 21 14:52:20 2004 From: hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp (Yukinobu Hamuro) Date: Sat, 21 Aug 2004 14:52:20 +0900 Subject: [Musashi-devel 31] AGM Message-ID: <200408210552.AA01774@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> 鷲尾先生、光永君、 羽室です。 xt2gmlコマンドが完成しました。 簡単なデータ(全く意味のないデータですが)を作成し、AGMの動作確認をしております。 添付のxt2gml01.xmlについては、AGMの動作はOKでした。 その他の２つのファイル（かなりいじわるなデータですが）についてはend by signalで落ちます。 GraphMLのスキーマの条件は満たしていると思うのですが。。。 ご確認のほどよろしくお願いします。 ---- Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp -------------- next part -------------- テキスト形式以外の添付ファイルを保管しました... ファイル名: xt2gml01.xml 型: application/octet-stream サイズ: 3728 バイト 説明: 無し URL: http://lists.sourceforge.jp/mailman/archives/musashi-devel/attachments/20040821/9b48559c/attachment.obj -------------- next part -------------- テキスト形式以外の添付ファイルを保管しました... ファイル名: xt2gml02.xml 型: application/octet-stream サイズ: 1915 バイト 説明: 無し URL: http://lists.sourceforge.jp/mailman/archives/musashi-devel/attachments/20040821/9b48559c/attachment-0001.obj -------------- next part -------------- テキスト形式以外の添付ファイルを保管しました... ファイル名: xt2gml03.xml 型: application/octet-stream サイズ: 1351 バイト 説明: 無し URL: http://lists.sourceforge.jp/mailman/archives/musashi-devel/attachments/20040821/9b48559c/attachment-0002.obj From mitsunaga ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp Sun Aug 22 11:55:49 2004 From: mitsunaga ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp (Yuki Mitsunaga) Date: Sun, 22 Aug 2004 11:55:49 +0900 Subject: [Musashi-devel 32] Re: AGM Message-ID: <200408220255.i7M2trX60859@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> 光永です。 AGMではEdgeに一次元のラベルをつけるようになっています。 添付されていたファイルの後半二つはEdgeにラベルがなかったのでエラーがでていたようです。 現在は多次元のラベルであった場合は一番はじめに記述されているラベルを採用するようにしています。 ＞鷲尾先生 ラベルがなかった場合及び多次元のラベルだった場合どのような処理を行うようにすればよいでしょうか。 Yukinobu Hamuro wrote: > 鷲尾先生、光永君、 > 羽室です。 > > xt2gmlコマンドが完成しました。 > 簡単なデータ(全く意味のないデータですが)を作成し、AGMの動作確認をしております。 > > 添付のxt2gml01.xmlについては、AGMの動作はOKでした。 > その他の２つのファイル（かなりいじわるなデータですが）についてはend by signalで落ちます。 > > GraphMLのスキーマの条件は満たしていると思うのですが。。。 > > ご確認のほどよろしくお願いします。 > > ---- > Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp From hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp Mon Aug 23 10:19:40 2004 From: hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp (Yukinobu Hamuro) Date: Mon, 23 Aug 2004 10:19:40 +0900 Subject: [Musashi-devel 33] Re: AGM In-Reply-To: <200408220255.i7M2trX60859@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> References: <200408220255.i7M2trX60859@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> Message-ID: <200408230119.AA01777@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> 羽室です。 Edgeにラベルがなければ答えが出ないというのは仕様でしょうか？ 仕様ならばエラーメッセージを表示させた方がよいですね。 仕様でないならば（答えがでるならば）ソースの修正が必要ですね。 ソースを修正する際には、CVSからダウンロードしたものをご利用願います。 また、今回のリリースでは現状のものでということでしたらお知らせ下さい。 よろしくお願いします。 Yuki Mitsunaga さんは書きました: >光永です。 > >AGMではEdgeに一次元のラベルをつけるようになっています。 >添付されていたファイルの後半二つはEdgeにラベルがなかったのでエラーがでていたようです。 >現在は多次元のラベルであった場合は一番はじめに記述されているラベルを採用するようにしています。 > >＞鷲尾先生 >ラベルがなかった場合及び多次元のラベルだった場合どのような処理を行うようにすればよいでしょうか。 > > > >Yukinobu Hamuro wrote: > >> 鷲尾先生、光永君、 >> 羽室です。 >> >> xt2gmlコマンドが完成しました。 >> 簡単なデータ(全く意味のないデータですが)を作成し、AGMの動作確認をしております。 >> >> 添付のxt2gml01.xmlについては、AGMの動作はOKでした。 >> その他の２つのファイル（かなりいじわるなデータですが）についてはend by signalで落ちます。 >> >> GraphMLのスキーマの条件は満たしていると思うのですが。。。 >> >> ご確認のほどよろしくお願いします。 >> >> ---- >> Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp > > >_______________________________________________ >Musashi-devel mailing list >Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel > ---- Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp From washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp Mon Aug 23 11:02:31 2004 From: washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp (Takashi Washio) Date: Mon, 23 Aug 2004 11:02:31 +0900 Subject: [Musashi-devel 34] Re: GraphID In-Reply-To: <200408200727.AA01770@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> Message-ID: <5.1.1.8.2.20040823105334.00cfef78@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> 羽室先生 返信が大変遅くなりすみません。原稿書きに週末埋もれてました。 以下、グラフにＩＤだけでなく、グラフそのものにラベル（フィールド名や値） をつけるということですね。あれば便利と思います。ただこれらは use="optional"にした方がいいと思います。"value"はtype="xs:string" としたのは、数字ばかりでなく何でも書けるようにですね？ 鷲尾 >Graph要素について質問(提案）があります。 >現在Graph要素で示される各グラフの識別はgraphID属性でおこなうようになっています。 >これはよいのですが、そのIDに対するラベルを記述できるようにしてはと思うのですがどうでしょうか？ > >たぶん以下のような感じになると思うのですが。。。 > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >よろしくお願いします。 > >---- >Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp >_______________________________________________ >Musashi-devel mailing list >Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel From washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp Mon Aug 23 11:32:31 2004 From: washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp (Takashi Washio) Date: Mon, 23 Aug 2004 11:32:31 +0900 Subject: [Musashi-devel 35] Re: AGM In-Reply-To: <200408210552.AA01774@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> Message-ID: <5.1.1.8.2.20040823113142.00d46980@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> 羽室先生 鷲尾です。ありがとうございます。 xt2gml02.xml, xt2gml03.xml については、こちらで確認してみます。 鷲尾 >鷲尾先生、光永君、 >羽室です。 > >xt2gmlコマンドが完成しました。 >簡単なデータ(全く意味のないデータですが)を作成し、AGMの動作確認をしております。 > >添付のxt2gml01.xmlについては、AGMの動作はOKでした。 >その他の２つのファイル（かなりいじわるなデータですが）についてはend by signalで落ちます。 > >GraphMLのスキーマの条件は満たしていると思うのですが。。。 > >ご確認のほどよろしくお願いします。 > >---- >Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp > > > >_______________________________________________ >Musashi-devel mailing list >Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel From washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp Mon Aug 23 11:44:22 2004 From: washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp (Takashi Washio) Date: Mon, 23 Aug 2004 11:44:22 +0900 Subject: [Musashi-devel 36] Re: AGM In-Reply-To: <200408220255.i7M2trX60859@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.j p> Message-ID: <5.1.1.8.2.20040823113531.062d4a78@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> 光永君、羽室先生 失礼。先ほどこのメールを見ないで返信しました。 そうですね。vertexもedgeもラベルなしということはあり得ますね。 を両方use="optional"にしてはどうでしょう？ 鷲尾 >光永です。 > >AGMではEdgeに一次元のラベルをつけるようになっています。 >添付されていたファイルの後半二つはEdgeにラベルがなかったのでエラーがでていたようです。 >現在は多次元のラベルであった場合は一番はじめに記述されているラベルを採用するようにしています。 > >＞鷲尾先生 >ラベルがなかった場合及び多次元のラベルだった場合どのような処理を行うようにすればよいでしょうか。 > > > >Yukinobu Hamuro wrote: > >> 鷲尾先生、光永君、 >> 羽室です。 >> >> xt2gmlコマンドが完成しました。 >> 簡単なデータ(全く意味のないデータですが)を作成し、AGMの動作確認をしております。 >> >> 添付のxt2gml01.xmlについては、AGMの動作はOKでした。 >> その他の２つのファイル（かなりいじわるなデータですが）についてはend by signalで落ちます。 >> >> GraphMLのスキーマの条件は満たしていると思うのですが。。。 >> >> ご確認のほどよろしくお願いします。 >> >> ---- >> Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp > > >_______________________________________________ >Musashi-devel mailing list >Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel From mitsunaga ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp Mon Aug 23 13:48:03 2004 From: mitsunaga ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp (Yuki Mitsunaga) Date: Mon, 23 Aug 2004 13:48:03 +0900 Subject: [Musashi-devel 37] Re: AGM In-Reply-To: <200408230119.AA01777@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> References: <200408230119.AA01777@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> Message-ID: <200408230448.i7N4m3X70003@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> 光永です。 Edgeのラベルに関してなんですが、ラベルがないものには 一つダミーのラベルを作り全てそのラベルを使用するように変更します。 多次元のラベルを持つものに関しては現状通り はじめに記述されているラベルを採用することとしておきます。 この点についてご意見がありましたらご指摘よろしくお願いします。 変更がすみ次第ご連絡いたします。 Yukinobu Hamuro wrote: > 羽室です。 > > Edgeにラベルがなければ答えが出ないというのは仕様でしょうか？ > > 仕様ならばエラーメッセージを表示させた方がよいですね。 > 仕様でないならば（答えがでるならば）ソースの修正が必要ですね。 > > ソースを修正する際には、CVSからダウンロードしたものをご利用願います。 > > また、今回のリリースでは現状のものでということでしたらお知らせ下さい。 > > よろしくお願いします。 > > Yuki Mitsunaga さんは書きました: > >光永です。 > > > >AGMではEdgeに一次元のラベルをつけるようになっています。 > >添付されていたファイルの後半二つはEdgeにラベルがなかったのでエラーがでていたようです。 > >現在は多次元のラベルであった場合は一番はじめに記述されているラベルを採用するようにしています。 > > > >＞鷲尾先生 > >ラベルがなかった場合及び多次元のラベルだった場合どのような処理を行うようにすればよいでしょうか。 > > > > > > > >Yukinobu Hamuro wrote: > > > >> 鷲尾先生、光永君、 > >> 羽室です。 > >> > >> xt2gmlコマンドが完成しました。 > >> 簡単なデータ(全く意味のないデータですが)を作成し、AGMの動作確認をしております。 > >> > >> 添付のxt2gml01.xmlについては、AGMの動作はOKでした。 > >> その他の２つのファイル（かなりいじわるなデータですが）についてはend by signalで落ちます。 > >> > >> GraphMLのスキーマの条件は満たしていると思うのですが。。。 > >> > >> ご確認のほどよろしくお願いします。 > >> > >> ---- > >> Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp > > > > > >_______________________________________________ > >Musashi-devel mailing list > >Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp > >http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel > > > > ---- > Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp > _______________________________________________ > Musashi-devel mailing list > Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp > http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel From mitsunaga ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp Mon Aug 23 13:48:08 2004 From: mitsunaga ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp (Yuki Mitsunaga) Date: Mon, 23 Aug 2004 13:48:08 +0900 Subject: [Musashi-devel 38] Re: AGM Message-ID: <200408230448.i7N4m8X70012@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> 光永です。 AGMではEdgeに一次元のラベルをつけるようになっています。 添付されていたファイルの後半二つはEdgeにラベルがなかったのでエラーがでていたようです。 現在は多次元のラベルであった場合は一番はじめに記述されているラベルを採用するようにしています。 ＞鷲尾先生 ラベルがなかった場合及び多次元のラベルだった場合どのような処理を行うようにすればよいでしょうか。 Yukinobu Hamuro wrote: > 鷲尾先生、光永君、 > 羽室です。 > > xt2gmlコマンドが完成しました。 > 簡単なデータ(全く意味のないデータですが)を作成し、AGMの動作確認をしております。 > > 添付のxt2gml01.xmlについては、AGMの動作はOKでした。 > その他の２つのファイル（かなりいじわるなデータですが）についてはend by signalで落ちます。 > > GraphMLのスキーマの条件は満たしていると思うのですが。。。 > > ご確認のほどよろしくお願いします。 > > ---- > Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp From washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp Mon Aug 23 17:54:00 2004 From: washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp (Takashi Washio) Date: Mon, 23 Aug 2004 17:54:00 +0900 Subject: [Musashi-devel 39] Re: AGM In-Reply-To: <200408230448.i7N4m8X70012@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.j p> Message-ID: <5.1.1.8.2.20040823174759.00cdaca8@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> >AGMではEdgeに一次元のラベルをつけるようになっています。 >添付されていたファイルの後半二つはEdgeにラベルがなかったのでエラーがでていたようです。 >現在は多次元のラベルであった場合は一番はじめに記述されているラベルを採用するようにしています。 では、羽室先生の例のようにvertexやedgeのラベルなしの記述を GraphMLとしては許容することにしましょう。ただし、この場合、 vertex_labelとedge_labelタグはuse="option"に変更しないといけません。 >＞鷲尾先生 >ラベルがなかった場合及び多次元のラベルだった場合どのような処理を行うようにすればよいでしょうか。 GraphMLの仕様は上記のようにして、 ＡＧＭの方でラベルがなかった場合にはラベルなしとしてvertex_label, edge_labelとも"null"を代入して 処理するようにしましょう。多次元ラベルは現行どおり一番初めに記述されているラベルを使う方法で いいと思います。 光永君 ＣＳＶからＡＧＭのソースをダウンロードして、上記ＡＧＭの変更をして、 羽室先生に送ってください。 羽室先生 GraphMLの定義ファイルの変更は上記で宜しいでしょうか。 鷲尾 From hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp Mon Aug 23 21:49:30 2004 From: hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp (Yukinobu Hamuro) Date: Mon, 23 Aug 2004 21:49:30 +0900 Subject: [Musashi-devel 40] Re: AGM In-Reply-To: <5.1.1.8.2.20040823174759.00cdaca8@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> References: <5.1.1.8.2.20040823174759.00cdaca8@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> Message-ID: <200408231249.AA01784@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> 鷲尾先生、光永君 羽室です。 光永君より送っていただいたソースでの動作確認しました。 すべてOKでした。 vertex_labelとedge_labelタグですが、現在のGraphMLでは以下のように、minOccursが０となっているので変更は必要ないかと思いますが、いかがでしょうか？ - - - ： ： - - - Takashi Washio さんは書きました: > >>AGMではEdgeに一次元のラベルをつけるようになっています。 >>添付されていたファイルの後半二つはEdgeにラベルがなかったのでエラーがでていたようです。 >>現在は多次元のラベルであった場合は一番はじめに記述されているラベルを採用するようにしています。 > >では、羽室先生の例のようにvertexやedgeのラベルなしの記述を >GraphMLとしては許容することにしましょう。ただし、この場合、 >vertex_labelとedge_labelタグはuse="option"に変更しないといけません。 > > >>＞鷲尾先生 >>ラベルがなかった場合及び多次元のラベルだった場合どのような処理を行うようにすればよいでしょうか。 > >GraphMLの仕様は上記のようにして、 >ＡＧＭの方でラベルがなかった場合にはラベルなしとしてvertex_label, edge_labelとも"null"を代入して >処理するようにしましょう。多次元ラベルは現行どおり一番初めに記述されているラベルを使う方法で >いいと思います。 > >光永君 >ＣＳＶからＡＧＭのソースをダウンロードして、上記ＡＧＭの変更をして、 >羽室先生に送ってください。 > >羽室先生 >GraphMLの定義ファイルの変更は上記で宜しいでしょうか。 > >鷲尾 > > >_______________________________________________ >Musashi-devel mailing list >Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel > ---- Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp From hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp Tue Aug 24 09:55:40 2004 From: hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp (Yukinobu Hamuro) Date: Tue, 24 Aug 2004 09:55:40 +0900 Subject: [Musashi-devel 41] =?iso-2022-jp?b?QUdNGyRCJE4lbyE8JS8lVSUhGyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJSQlaxsoQg==?= Message-ID: <200408240055.AA01789@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> 鷲尾先生、光永君 羽室です。 AGMはいくつかのファイル(*.disp,*.lwrd,*.nwrd)を出力するようですが、 これらのファイルは、仕様として出力すべきデータでしょうか？ もし出力すべきデータであれば、後に加工が可能なようにXMLもしくはXMLtableで出力すべきと考えます。 もしワークファイルならば、削除するようにすべきかと思われます。 たぶん*.disp以外は、単なるワークファイルだと思われますが。。。 *.dispはコマンドの実行時に出力される途中経過ログと同様の内容だと思われますが、これはmusashiで標準としている標準エラーへのメッセージ出力にすればよいかと思 われます。 例えばxtasruleというコマンドは以下のようなメッセージを標準エラー出力に出力します(2項目目はプロセス番号です)。 #MSG# 3844 "scanning frequent one item list" #MSG# 3844 "creating tree" #MSG# 3844 "outputing result" どうでしょうか？ ---- Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp From washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp Tue Aug 24 12:38:58 2004 From: washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp (Takashi Washio) Date: Tue, 24 Aug 2004 12:38:58 +0900 Subject: [Musashi-devel 42] Re: AGM In-Reply-To: <200408231249.AA01784@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> References: <5.1.1.8.2.20040823174759.00cdaca8@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> <5.1.1.8.2.20040823174759.00cdaca8@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> Message-ID: <5.1.1.8.2.20040824123816.06b70b70@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> 羽室先生 >vertex_labelとedge_labelタグですが、現在のGraphMLでは以下のように、minOccursが０となっているので変更は必要ないかと思いますが、いかがでしょうか？ なるどそうですね。これならこのままでいいですね。失礼しました。 鷲尾 >- >- >- > > > > > > >： >： >- >- >- > > > > > > > > > > > >Takashi Washio さんは書きました: >> >>>AGMではEdgeに一次元のラベルをつけるようになっています。 >>>添付されていたファイルの後半二つはEdgeにラベルがなかったのでエラーがでていたようです。 >>>現在は多次元のラベルであった場合は一番はじめに記述されているラベルを採用するようにしています。 >> >>では、羽室先生の例のようにvertexやedgeのラベルなしの記述を >>GraphMLとしては許容することにしましょう。ただし、この場合、 >>vertex_labelとedge_labelタグはuse="option"に変更しないといけません。 >> >> >>>＞鷲尾先生 >>>ラベルがなかった場合及び多次元のラベルだった場合どのような処理を行うようにすればよいでしょうか。 >> >>GraphMLの仕様は上記のようにして、 >>ＡＧＭの方でラベルがなかった場合にはラベルなしとしてvertex_label, edge_labelとも"null"を代入して >>処理するようにしましょう。多次元ラベルは現行どおり一番初めに記述されているラベルを使う方法で >>いいと思います。 >> >>光永君 >>ＣＳＶからＡＧＭのソースをダウンロードして、上記ＡＧＭの変更をして、 >>羽室先生に送ってください。 >> >>羽室先生 >>GraphMLの定義ファイルの変更は上記で宜しいでしょうか。 >> >>鷲尾 >> >> >>_______________________________________________ >>Musashi-devel mailing list >>Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >>http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel >> > >---- >Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp >_______________________________________________ >Musashi-devel mailing list >Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel From washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp Tue Aug 24 12:46:58 2004 From: washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp (Takashi Washio) Date: Tue, 24 Aug 2004 12:46:58 +0900 Subject: [Musashi-devel 43] =?iso-2022-jp?b?UmU6IEFHTSAbJEIkTiVvITwbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJS8lVSUhJSQlaxsoQg==?= In-Reply-To: <200408240055.AA01789@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> Message-ID: <5.1.1.8.2.20040824124309.076b1488@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> 羽室先生 鷲尾です。 >AGMはいくつかのファイル(*.disp,*.lwrd,*.nwrd)を出力するようですが、 >これらのファイルは、仕様として出力すべきデータでしょうか？ > >もし出力すべきデータであれば、後に加工が可能なようにXMLもしくはXMLtableで出力すべきと考えます。 >もしワークファイルならば、削除するようにすべきかと思われます。 おっしゃるとおりですね。必要情報はpmmlに出力されるので 出力しなくていいと思います。 >たぶん*.disp以外は、単なるワークファイルだと思われますが。。。 >*.dispはコマンドの実行時に出力される途中経過ログと同様の内容だと思われますが、これはmusashiで標準としている標準エラーへのメッセージ出力にすればよいかと思 >われます。 > >例えばxtasruleというコマンドは以下のようなメッセージを標準エラー出力に出力します(2項目目はプロセス番号です)。 >#MSG# 3844 "scanning frequent one item list" >#MSG# 3844 "creating tree" >#MSG# 3844 "outputing result" > >どうでしょうか？ おっしゃるように*.dispは画面や標準出力に出力すべきですね。 ＡＧＭは下手をすると数時間、数日走る場合もあるので、 フリーズしてないかどうか、進行状況を見るためにも、是非画面 出力は残した方が、精神衛生上いいと思います。 上記、よろしければ対応します。 鷲尾 >---- >Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp >_______________________________________________ >Musashi-devel mailing list >Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel From hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp Tue Aug 24 16:23:05 2004 From: hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp (Yukinobu Hamuro) Date: Tue, 24 Aug 2004 16:23:05 +0900 Subject: [Musashi-devel 44] Re: GraphID In-Reply-To: <5.1.1.8.2.20040823105334.00cfef78@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> References: <5.1.1.8.2.20040823105334.00cfef78@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> Message-ID: <200408240723.AA01797@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> 鷲尾先生、羽室です。 >以下、グラフにＩＤだけでなく、グラフそのものにラベル（フィールド名や値） >をつけるということですね。あれば便利と思います。ただこれらは >use="optional"にした方がいいと思います。"value"はtype="xs:string" >としたのは、数字ばかりでなく何でも書けるようにですね？ はい、その通りです。 ただ、問題となってくることは、DataDictionaryの方です。 のように、Valueを伴わないDataFieldはありでしょうか？ もしValueが必須であるとすると、グラフ数と同数のValueを出力する必要がでてきます。 これに関連する話ですが、GraphMLで宣言されているDataDictionaryやHeader要素のXMLschemaもGraphMLのスキーマ内に入れたほうが よいかと思いますがどうでしょうか？ よろしくお願いします。 > >鷲尾 > >>Graph要素について質問(提案）があります。 >>現在Graph要素で示される各グラフの識別はgraphID属性でおこなうようになっています。 >>これはよいのですが、そのIDに対するラベルを記述できるようにしてはと思うのですがどうでしょうか？ >> >>たぶん以下のような感じになると思うのですが。。。 >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >>よろしくお願いします。 >> >>---- >>Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp >>_______________________________________________ >>Musashi-devel mailing list >>Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >>http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel > > >_______________________________________________ >Musashi-devel mailing list >Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel > ---- Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp From hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp Tue Aug 24 16:35:39 2004 From: hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp (Yukinobu Hamuro) Date: Tue, 24 Aug 2004 16:35:39 +0900 Subject: [Musashi-devel 45] =?iso-2022-jp?b?UmU6IEFHTSAbJEIkTiVvITwbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJS8lVSUhJSQlaxsoQg==?= In-Reply-To: <5.1.1.8.2.20040824124309.076b1488@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> References: <5.1.1.8.2.20040824124309.076b1488@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> Message-ID: <200408240735.AA01798@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> 鷲尾先生、羽室です。 以下の件、了解しました。 よろしくお願いします。 光永君、 メッセージの出力方法ですが、 mssShowMsg("this is a message %s,%d",Name,id); のような感じでOKです。 ワークファイルの方ですが、もし単にファイル出力をとめればよいという問題であればよいのですが、 プログラム上、それらのファイルを再利用して何かをしているとすると少し手間かもしれません。 MUSASHIでの標準ルールでは、ワークファイル名は xt##xxx* です。 xxxの箇所にはプロセス番号が入ります。 *はどのような文字でもOKという意味です。 具体的には xx##1234-agm-work1 などといったファイル名になると思います。 sprintf(workFileName,"%s/xx##%d-agm-work1",optTMP.str,getpid()); でworkFileNameにファイル名がセットされます。 ちなみにoptTMPは-Tのコマンドラインパラメータです。 このようにしておけば、 プログラムの最後にmssEndをコールした時に、自動的に生成されたワークファイルを消去してくれます。 よろしくお願いします。 Takashi Washio さんは書きました: >羽室先生 > >鷲尾です。 > >>AGMはいくつかのファイル(*.disp,*.lwrd,*.nwrd)を出力するようですが、 >>これらのファイルは、仕様として出力すべきデータでしょうか？ >> >>もし出力すべきデータであれば、後に加工が可能なようにXMLもしくはXMLtableで出力すべきと考えます。 >>もしワークファイルならば、削除するようにすべきかと思われます。 > >おっしゃるとおりですね。必要情報はpmmlに出力されるので >出力しなくていいと思います。 > > >>たぶん*.disp以外は、単なるワークファイルだと思われますが。。。 >>*.dispはコマンドの実行時に出力される途中経過ログと同様の内容だと思われますが、これはmusashiで標準としている標準エラーへのメッセージ出力にすればよいかと 思 >>われます。 >> >>例えばxtasruleというコマンドは以下のようなメッセージを標準エラー出力に出力します(2項目目はプロセス番号です)。 >>#MSG# 3844 "scanning frequent one item list" >>#MSG# 3844 "creating tree" >>#MSG# 3844 "outputing result" >> >>どうでしょうか？ > >おっしゃるように*.dispは画面や標準出力に出力すべきですね。 >ＡＧＭは下手をすると数時間、数日走る場合もあるので、 >フリーズしてないかどうか、進行状況を見るためにも、是非画面 >出力は残した方が、精神衛生上いいと思います。 > > >上記、よろしければ対応します。 > >鷲尾 > > > >>---- >>Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp >>_______________________________________________ >>Musashi-devel mailing list >>Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >>http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel > > >_______________________________________________ >Musashi-devel mailing list >Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel > ---- Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp From washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp Tue Aug 24 17:13:18 2004 From: washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp (Takashi Washio) Date: Tue, 24 Aug 2004 17:13:18 +0900 Subject: [Musashi-devel 46] Re: GraphID In-Reply-To: <200408240723.AA01797@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> References: <5.1.1.8.2.20040823105334.00cfef78@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> <5.1.1.8.2.20040823105334.00cfef78@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> Message-ID: <5.1.1.8.2.20040824170026.068ede58@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> 羽室先生、光永君 >>以下、グラフにＩＤだけでなく、グラフそのものにラベル（フィールド名や値） >>をつけるということですね。あれば便利と思います。ただこれらは >>use="optional"にした方がいいと思います。"value"はtype="xs:string" >>としたのは、数字ばかりでなく何でも書けるようにですね？ >はい、その通りです。 >ただ、問題となってくることは、DataDictionaryの方です。 > >のように、Valueを伴わないDataFieldはありでしょうか？ >もしValueが必須であるとすると、グラフ数と同数のValueを出力する必要がでてきます。 えーと、おっしゃっている意味がうまく飲み込めないのですが、 この場合、GraphIDではなくGraphLabelを導入する目的が何かのかです。 GraphIDをtype="xs:int"ではなくtype="xs:string"にすれば、 文字列のＩＤは付けられますね。GraphLabelを導入するのは こういうＩＤの使い方ではなくて、あくまでLabelが欲しいからだと 私は理解してました。LabelはIDと違い、各グラフにuniqueである 必要はないですね。というかuniqueならIDを使った方がいいので はないでしょうか。 それからvalueが数字なら というやり方もありますが、おそらくこれは羽室先生が考えておられる こととは違うでしょうね。 >これに関連する話ですが、GraphMLで宣言されているDataDictionaryやHeader要素のXMLschemaもGraphMLのスキーマ内に入れたほうが >よいかと思いますがどうでしょうか？ GraphMLのスキーマに入れるということは、標準と違ってカスタマイズしたい ということでしょうか。 光永君 これはどう思いますか。現状は標準のXMLschemaを使っているわけですが、 GraphMLのスキーマに入れる必要がありますか？ 鷲尾 From washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp Tue Aug 24 17:30:19 2004 From: washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp (Takashi Washio) Date: Tue, 24 Aug 2004 17:30:19 +0900 Subject: [Musashi-devel 47] =?iso-2022-jp?b?UmU6IEFHTSAgGyRCJE4lbyE8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJS8lVSUhJSQlaxsoQg==?= In-Reply-To: <200408240735.AA01798@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> References: <5.1.1.8.2.20040824124309.076b1488@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> <5.1.1.8.2.20040824124309.076b1488@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> Message-ID: <5.1.1.8.2.20040824172450.0672f770@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> 光永君 メインルーチンの disppatn1_2(filename); disppatn2_2(filename); の中で*.lwrd,*.nwrdを書き出してますね。 これらは結果出力ファイルに過ぎないので、 この出力部分のコマンドやループを削除 するだけでいいと思います。 ただ、apripori4で fpr=fopen("datafile1","r"); fpw=fopen("datafile2","w"); として２つの中間ファイルを作成していますが、 羽室先生の以下に従ってファイル名を変えない といけませんね。 羽室先生 上記、datafile1、datafile2は datafile1を読み計算した結果をdatafile2上書きし、 次のステージでdatafile2を読み計算した結果をdatafile1上書きし、、、、 というように、シーソーのように交互に使っています。 この場合でもプロセス番号入りのワークファイル名で問題ないでしょうか。 鷲尾 >光永君、 >メッセージの出力方法ですが、 >mssShowMsg("this is a message %s,%d",Name,id); >のような感じでOKです。 > >ワークファイルの方ですが、もし単にファイル出力をとめればよいという問題であればよいのですが、 >プログラム上、それらのファイルを再利用して何かをしているとすると少し手間かもしれません。 >MUSASHIでの標準ルールでは、ワークファイル名は >xt##xxx* >です。 >xxxの箇所にはプロセス番号が入ります。 >*はどのような文字でもOKという意味です。 >具体的には >xx##1234-agm-work1 >などといったファイル名になると思います。 >sprintf(workFileName,"%s/xx##%d-agm-work1",optTMP.str,getpid()); >でworkFileNameにファイル名がセットされます。 >ちなみにoptTMPは-Tのコマンドラインパラメータです。 >このようにしておけば、 >プログラムの最後にmssEndをコールした時に、自動的に生成されたワークファイルを消去してくれます。 > >よろしくお願いします。 > > >Takashi Washio さんは書きました: >>羽室先生 >> >>鷲尾です。 >> >>>AGMはいくつかのファイル(*.disp,*.lwrd,*.nwrd)を出力するようですが、 >>>これらのファイルは、仕様として出力すべきデータでしょうか？ >>> >>>もし出力すべきデータであれば、後に加工が可能なようにXMLもしくはXMLtableで出力すべきと考えます。 >>>もしワークファイルならば、削除するようにすべきかと思われます。 >> >>おっしゃるとおりですね。必要情報はpmmlに出力されるので >>出力しなくていいと思います。 >> >> >>>たぶん*.disp以外は、単なるワークファイルだと思われますが。。。 >>>*.dispはコマンドの実行時に出力される途中経過ログと同様の内容だと思われますが、これはmusashiで標準としている標準エラーへのメッセージ出力にすればよいかと >思 >>>われます。 >>> >>>例えばxtasruleというコマンドは以下のようなメッセージを標準エラー出力に出力します(2項目目はプロセス番号です)。 >>>#MSG# 3844 "scanning frequent one item list" >>>#MSG# 3844 "creating tree" >>>#MSG# 3844 "outputing result" >>> >>>どうでしょうか？ >> >>おっしゃるように*.dispは画面や標準出力に出力すべきですね。 >>ＡＧＭは下手をすると数時間、数日走る場合もあるので、 >>フリーズしてないかどうか、進行状況を見るためにも、是非画面 >>出力は残した方が、精神衛生上いいと思います。 >> >> >>上記、よろしければ対応します。 >> >>鷲尾 >> >> >> >>>---- >>>Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp >>>_______________________________________________ >>>Musashi-devel mailing list >>>Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >>>http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel >> >> >>_______________________________________________ >>Musashi-devel mailing list >>Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >>http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel >> > >---- >Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp From hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp Tue Aug 24 18:48:51 2004 From: hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp (Yukinobu Hamuro) Date: Tue, 24 Aug 2004 18:48:51 +0900 Subject: [Musashi-devel 48] Re: GraphID In-Reply-To: <5.1.1.8.2.20040824170026.068ede58@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> References: <5.1.1.8.2.20040824170026.068ede58@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> Message-ID: <200408240948.AA01799@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> 羽室です。 すみません。 言葉足らずで。 私が考えていましたGraphIDの導入の目的は、多分鷲尾先生のお考えと同様です。 例えばAGMにかけた後で、どのグラフがどのルールに当てはまるったかを見やすくするといったものです。 C5.0で、例えば顧客に関する決定木を作るとき、顧客コードと顧客名を名目属性（もちろん説明属性としては利用しません）として含めておけば、 後にどのリーフにどの顧客が分類されたかを参照できます。これと同じような目的を考えています。 Labelはユニークである必要はありませんが、実際の利用では結果としてユニークとなるケースが多いと思われます。 ですからvalueはtype="xs:string"で全く問題ありません。 例えば、VertexLabelであれば、DataDictionaryに次のようなデータ項目の定義が必須です。 そしてVertexLabelは次のようになります。 もし、GraphLabelについても同様に考えるなら、 : とし、 　　　： といったようにする必要はないでしょうか？ もしそうする必要があれば、 といったValue要素が膨大になってしまいます。 必要なければ、単に、 といった感じになるかとはおもいます。 ただ、グラフのラベルを以下のような複数のデータ項目でつけたいケースも生じると思われます。 あまりよい例ではありませんが。。。 また、 としましたが、C5.0に習って（http://www.rulequest.com/see5-win.html#explicit） とするほうが誤解がないと思われます。 >>これに関連する話ですが、GraphMLで宣言されているDataDictionaryやHeader要素のXMLschemaもGraphMLのスキーマ内に入れたほうが >>よいかと思いますがどうでしょうか？ > >GraphMLのスキーマに入れるということは、標準と違ってカスタマイズしたい >ということでしょうか。 ここでの標準とは何のことでしょうか？ PMMLではないですよね？ GraphMLはPMMLとは完全に独立した存在だと解釈していましたが。。。 Takashi Washio さんは書きました: >羽室先生、光永君 > >>>以下、グラフにＩＤだけでなく、グラフそのものにラベル（フィールド名や値） >>>をつけるということですね。あれば便利と思います。ただこれらは >>>use="optional"にした方がいいと思います。"value"はtype="xs:string" >>>としたのは、数字ばかりでなく何でも書けるようにですね？ >>はい、その通りです。 >>ただ、問題となってくることは、DataDictionaryの方です。 >> >>のように、Valueを伴わないDataFieldはありでしょうか？ >>もしValueが必須であるとすると、グラフ数と同数のValueを出力する必要がでてきます。 > >えーと、おっしゃっている意味がうまく飲み込めないのですが、 >この場合、GraphIDではなくGraphLabelを導入する目的が何かのかです。 >GraphIDをtype="xs:int"ではなくtype="xs:string"にすれば、 >文字列のＩＤは付けられますね。GraphLabelを導入するのは >こういうＩＤの使い方ではなくて、あくまでLabelが欲しいからだと >私は理解してました。LabelはIDと違い、各グラフにuniqueである >必要はないですね。というかuniqueならIDを使った方がいいので >はないでしょうか。 > >それからvalueが数字なら > >というやり方もありますが、おそらくこれは羽室先生が考えておられる >こととは違うでしょうね。 > > >>これに関連する話ですが、GraphMLで宣言されているDataDictionaryやHeader要素のXMLschemaもGraphMLのスキーマ内に入れたほうが >>よいかと思いますがどうでしょうか？ > >GraphMLのスキーマに入れるということは、標準と違ってカスタマイズしたい >ということでしょうか。 > >光永君 >これはどう思いますか。現状は標準のXMLschemaを使っているわけですが、 >GraphMLのスキーマに入れる必要がありますか？ > > >鷲尾 > > >_______________________________________________ >Musashi-devel mailing list >Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel > ---- Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp From hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp Tue Aug 24 18:53:49 2004 From: hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp (Yukinobu Hamuro) Date: Tue, 24 Aug 2004 18:53:49 +0900 Subject: [Musashi-devel 49] =?iso-2022-jp?b?UmU6IEFHTSAgGyRCJE4lbyE8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJS8lVSUhJSQlaxsoQg==?= In-Reply-To: <5.1.1.8.2.20040824172450.0672f770@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> References: <5.1.1.8.2.20040824172450.0672f770@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> Message-ID: <200408240953.AA01800@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> 羽室です。 Takashi Washio さんは書きました: >光永君 >メインルーチンの >disppatn1_2(filename); >disppatn2_2(filename); >の中で*.lwrd,*.nwrdを書き出してますね。 >これらは結果出力ファイルに過ぎないので、 >この出力部分のコマンドやループを削除 >するだけでいいと思います。 >ただ、apripori4で >fpr=fopen("datafile1","r"); >fpw=fopen("datafile2","w"); >として２つの中間ファイルを作成していますが、 >羽室先生の以下に従ってファイル名を変えない >といけませんね。 > >羽室先生 >上記、datafile1、datafile2は >datafile1を読み計算した結果をdatafile2上書きし、 >次のステージでdatafile2を読み計算した結果をdatafile1上書きし、、、、 >というように、シーソーのように交互に使っています。 >この場合でもプロセス番号入りのワークファイル名で問題ないでしょうか。 はい、単にファイル名をMUSASHI標準に従って変更するだけですので、全く問題ないと思います。 また、プロセス番号さえ入れておけば、AGMを複数同時に起動しても重なる心配はありませんからこれも問題ないと思われます。 逆に現在の仕様ですと、同じディレクトリ内でAGMを複数同時に起動するとやっかいなことになると思われます。 ---- Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp From mitsunaga ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp Wed Aug 25 12:26:35 2004 From: mitsunaga ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp (Yuki Mitsunaga) Date: Wed, 25 Aug 2004 12:26:35 +0900 Subject: [Musashi-devel 50] Re: GraphID Message-ID: <200408250326.i7P3QTX87739@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> 光永です おそらく羽室先生がおっしゃっているのは現状のGraphMLのXMLSchemaに DataDictionaryやHeaderの定義の記述がないと言うことだと思います。 上の要素についてはPMMLではいろんなモデルについて共通で用いられているタグです ので GraphPMMLのXMLSchemaを書く際には省略してたのですが GraphMLは別のものであるということを考えるとそちらの記述も追加しておいたほう がよいですね。 こちらは修正が済み次第またMLに投げたいと思います。 ----- Original Message ----- From: "Takashi Washio" To: Sent: Tuesday, August 24, 2004 5:13 PM Subject: [Musashi-devel 46] Re: GraphID > 羽室先生、光永君 > > >>以下、グラフにＩＤだけでなく、グラフそのものにラベル（フィールド名や値） > >>をつけるということですね。あれば便利と思います。ただこれらは > >>use="optional"にした方がいいと思います。"value"はtype="xs:string" > >>としたのは、数字ばかりでなく何でも書けるようにですね？ > >はい、その通りです。 > >ただ、問題となってくることは、DataDictionaryの方です。 > > > >のように、Valueを伴わないDataFieldはありでしょうか？ > >もしValueが必須であるとすると、グラフ数と同数のValueを出力する必要がでて きます。 > > えーと、おっしゃっている意味がうまく飲み込めないのですが、 > この場合、GraphIDではなくGraphLabelを導入する目的が何かのかです。 > GraphIDをtype="xs:int"ではなくtype="xs:string"にすれば、 > 文字列のＩＤは付けられますね。GraphLabelを導入するのは > こういうＩＤの使い方ではなくて、あくまでLabelが欲しいからだと > 私は理解してました。LabelはIDと違い、各グラフにuniqueである > 必要はないですね。というかuniqueならIDを使った方がいいので > はないでしょうか。 > > それからvalueが数字なら > > というやり方もありますが、おそらくこれは羽室先生が考えておられる > こととは違うでしょうね。 > > > >これに関連する話ですが、GraphMLで宣言されているDataDictionaryやHeader要素 のXMLschemaもGraphMLのスキーマ内に入れたほうが > >よいかと思いますがどうでしょうか？ > > GraphMLのスキーマに入れるということは、標準と違ってカスタマイズしたい > ということでしょうか。 > > 光永君 > これはどう思いますか。現状は標準のXMLschemaを使っているわけですが、 > GraphMLのスキーマに入れる必要がありますか？ > > > 鷲尾 > > > _______________________________________________ > Musashi-devel mailing list > Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp > http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel From washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp Wed Aug 25 15:02:59 2004 From: washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp (Takashi Washio) Date: Wed, 25 Aug 2004 15:02:59 +0900 Subject: [Musashi-devel 51] Re: GraphID In-Reply-To: <200408240948.AA01799@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> References: <5.1.1.8.2.20040824170026.068ede58@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> <5.1.1.8.2.20040824170026.068ede58@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> Message-ID: <5.1.1.8.2.20040825145316.00d27d28@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> 羽室先生、光永君 >もし、GraphLabelについても同様に考えるなら、 > > > > > : > >とし、 > > > > > >　　　： > >といったようにする必要はないでしょうか？ >もしそうする必要があれば、 といったValue要素が膨大になってしまいます。 >必要なければ、単に、 > >といった感じになるかとはおもいます。 上記、私もやられたいことはわかります。ただ、 GraphLabelを の定義の下で使うと、GraphLabelが１つのグラフにuniqueに決まる、 つまり識別ＩＤとして使うということは強制できなくなります。あくまで、 GraphLabelをどう使うかはユーザーサイドということになります。 その場合、などの定義が膨大になるか どうかはユーザー次第ですね。いちいち定義するのがいやでかつ GraphLabelをＩＤのように使いたいユーザーなら、おっしゃるように のような使い方をするしかないですね。 いずれにせよ、graphIdの記述も必要に思います。 >ただ、グラフのラベルを以下のような複数のデータ項目でつけたいケースも生じると思われます。 > > > おっしゃるとおりで、ユーザがこういうラベルをグラフに付けれる のは、何かと便利と思います。 >また、 > >としましたが、C5.0に習って（http://www.rulequest.com/see5-win.html#explicit） > >とするほうが誤解がないと思われます。 おっしゃる通りですね。"label"にしましょう。 鷲尾 From washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp Wed Aug 25 15:04:14 2004 From: washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp (Takashi Washio) Date: Wed, 25 Aug 2004 15:04:14 +0900 Subject: [Musashi-devel 52] =?iso-2022-jp?b?UmU6IEFHTSAgIBskQiROJW8bKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCITwlLyVVJSElJCVrGyhC?= In-Reply-To: <200408240953.AA01800@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> References: <5.1.1.8.2.20040824172450.0672f770@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> <5.1.1.8.2.20040824172450.0672f770@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> Message-ID: <5.1.1.8.2.20040825150314.00d36d68@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> 以下、問題なさそうですね。＞光永君 鷲尾 >>光永君 >>メインルーチンの >>disppatn1_2(filename); >>disppatn2_2(filename); >>の中で*.lwrd,*.nwrdを書き出してますね。 >>これらは結果出力ファイルに過ぎないので、 >>この出力部分のコマンドやループを削除 >>するだけでいいと思います。 >>ただ、apripori4で >>fpr=fopen("datafile1","r"); >>fpw=fopen("datafile2","w"); >>として２つの中間ファイルを作成していますが、 >>羽室先生の以下に従ってファイル名を変えない >>といけませんね。 >> >>羽室先生 >>上記、datafile1、datafile2は >>datafile1を読み計算した結果をdatafile2上書きし、 >>次のステージでdatafile2を読み計算した結果をdatafile1上書きし、、、、 >>というように、シーソーのように交互に使っています。 >>この場合でもプロセス番号入りのワークファイル名で問題ないでしょうか。 > >はい、単にファイル名をMUSASHI標準に従って変更するだけですので、全く問題ないと思います。 >また、プロセス番号さえ入れておけば、AGMを複数同時に起動しても重なる心配はありませんからこれも問題ないと思われます。 >逆に現在の仕様ですと、同じディレクトリ内でAGMを複数同時に起動するとやっかいなことになると思われます。 > >---- >Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp >_______________________________________________ >Musashi-devel mailing list >Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel From mitsunaga ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp Wed Aug 25 15:55:09 2004 From: mitsunaga ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp (Yuki Mitsunaga) Date: Wed, 25 Aug 2004 15:55:09 +0900 Subject: [Musashi-devel 53] =?iso-2022-jp?b?R3JhcGhNTCAbJEI9JEA1GyhC?= Message-ID: <200408250655.i7P6t4X89266@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> 光永です 修正版のGraphMLのXMLSchemaを添付しておきます 基本はPMMLの定義を採用して不必要そうなものを削っています 各要素、属性の説明などは下のURLを参照下さい DataDictionaryについては左からDataDictionaryを選んで参照下さい http://www.dmg.org/v2-1/Header.html 現状ではGraphLabelについては追加していない状態です PMMLにModelStatsという統計情報などを記述する要素がありました GraphMLにもとりあえずStatisticsという要素をいれていますが、これは必要でしょうか？ 現在のところ要素Statisticsの定義についての記述はされていません -------------- next part -------------- テキスト形式以外の添付ファイルを保管しました... ファイル名: GraphML.xml 型: application/octet-stream サイズ: 6895 バイト 説明: 無し URL: http://lists.sourceforge.jp/mailman/archives/musashi-devel/attachments/20040825/cabab5e5/attachment.obj From mitsunaga ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp Wed Aug 25 16:21:45 2004 From: mitsunaga ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp (Yuki Mitsunaga) Date: Wed, 25 Aug 2004 16:21:45 +0900 Subject: [Musashi-devel 54] =?iso-2022-jp?b?UmU6IEFHTSAbJEIkTiVvITwbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJS8lVSUhJSQlaxsoQg==?= In-Reply-To: <200408240735.AA01798@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> References: <200408240735.AA01798@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> Message-ID: <200408250721.i7P7LeX89457@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> 光永です 返信遅くなりまして申し訳ありません 修正が済み次第ソースのほう送らせて頂きます 少々お待ち下さい Yukinobu Hamuro wrote: > 鷲尾先生、羽室です。 > > 以下の件、了解しました。 > よろしくお願いします。 > > 光永君、 > メッセージの出力方法ですが、 > mssShowMsg("this is a message %s,%d",Name,id); > のような感じでOKです。 > > ワークファイルの方ですが、もし単にファイル出力をとめればよいという問題であればよいのですが、 > プログラム上、それらのファイルを再利用して何かをしているとすると少し手間かもしれません。 > MUSASHIでの標準ルールでは、ワークファイル名は > xt##xxx* > です。 > xxxの箇所にはプロセス番号が入ります。 > *はどのような文字でもOKという意味です。 > 具体的には > xx##1234-agm-work1 > などといったファイル名になると思います。 > sprintf(workFileName,"%s/xx##%d-agm-work1",optTMP.str,getpid()); > でworkFileNameにファイル名がセットされます。 > ちなみにoptTMPは-Tのコマンドラインパラメータです。 > このようにしておけば、 > プログラムの最後にmssEndをコールした時に、自動的に生成されたワークファイルを消去してくれます。 > > よろしくお願いします。 > > > Takashi Washio さんは書きました: > >羽室先生 > > > >鷲尾です。 > > > >>AGMはいくつかのファイル(*.disp,*.lwrd,*.nwrd)を出力するようですが、 > >>これらのファイルは、仕様として出力すべきデータでしょうか？ > >> > >>もし出力すべきデータであれば、後に加工が可能なようにXMLもしくはXMLtableで出力すべきと考えます。 > >>もしワークファイルならば、削除するようにすべきかと思われます。 > > > >おっしゃるとおりですね。必要情報はpmmlに出力されるので > >出力しなくていいと思います。 > > > > > >>たぶん*.disp以外は、単なるワークファイルだと思われますが。。。 > >>*.dispはコマンドの実行時に出力される途中経過ログと同様の内容だと思われますが、これはmusashiで標準としている標準エラーへのメッセージ出力にすればよいかと > 思 > >>われます。 > >> > >>例えばxtasruleというコマンドは以下のようなメッセージを標準エラー出力に出力します(2項目目はプロセス番号です)。 > >>#MSG# 3844 "scanning frequent one item list" > >>#MSG# 3844 "creating tree" > >>#MSG# 3844 "outputing result" > >> > >>どうでしょうか？ > > > >おっしゃるように*.dispは画面や標準出力に出力すべきですね。 > >ＡＧＭは下手をすると数時間、数日走る場合もあるので、 > >フリーズしてないかどうか、進行状況を見るためにも、是非画面 > >出力は残した方が、精神衛生上いいと思います。 > > > > > >上記、よろしければ対応します。 > > > >鷲尾 > > > > > > > >>---- > >>Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp > >>_______________________________________________ > >>Musashi-devel mailing list > >>Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp > >>http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel > > > > > >_______________________________________________ > >Musashi-devel mailing list > >Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp > >http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel > > > > ---- > Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp > _______________________________________________ > Musashi-devel mailing list > Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp > http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel From mitti ＠ hcn.zaq.ne.jp Tue Aug 24 17:28:38 2004 From: mitti ＠ hcn.zaq.ne.jp (Yuki Mitsunaga) Date: Tue, 24 Aug 2004 17:28:38 +0900 Subject: [Musashi-devel 55] Re: GraphID References: <5.1.1.8.2.20040823105334.00cfef78@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp><5.1.1.8.2.20040823105334.00cfef78@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> <5.1.1.8.2.20040824170026.068ede58@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> Message-ID: <001001c489b4$5b3b0650$d26c87d3@daburin> 光永です おそらく羽室先生がおっしゃっているのは現状のGraphMLのXMLSchemaに DataDictionaryやHeaderの定義の記述がないと言うことだと思います。 上の要素についてはPMMLではいろんなモデルについて共通で用いられているタグです ので GraphPMMLのXMLSchemaを書く際には省略してたのですが GraphMLは別のものであるということを考えるとそちらの記述も追加しておいたほう がよいですね。 こちらは修正が済み次第またMLに投げたいと思います。 ----- Original Message ----- From: "Takashi Washio" To: Sent: Tuesday, August 24, 2004 5:13 PM Subject: [Musashi-devel 46] Re: GraphID > 羽室先生、光永君 > > >>以下、グラフにＩＤだけでなく、グラフそのものにラベル（フィールド名や値） > >>をつけるということですね。あれば便利と思います。ただこれらは > >>use="optional"にした方がいいと思います。"value"はtype="xs:string" > >>としたのは、数字ばかりでなく何でも書けるようにですね？ > >はい、その通りです。 > >ただ、問題となってくることは、DataDictionaryの方です。 > > > >のように、Valueを伴わないDataFieldはありでしょうか？ > >もしValueが必須であるとすると、グラフ数と同数のValueを出力する必要がでて きます。 > > えーと、おっしゃっている意味がうまく飲み込めないのですが、 > この場合、GraphIDではなくGraphLabelを導入する目的が何かのかです。 > GraphIDをtype="xs:int"ではなくtype="xs:string"にすれば、 > 文字列のＩＤは付けられますね。GraphLabelを導入するのは > こういうＩＤの使い方ではなくて、あくまでLabelが欲しいからだと > 私は理解してました。LabelはIDと違い、各グラフにuniqueである > 必要はないですね。というかuniqueならIDを使った方がいいので > はないでしょうか。 > > それからvalueが数字なら > > というやり方もありますが、おそらくこれは羽室先生が考えておられる > こととは違うでしょうね。 > > > >これに関連する話ですが、GraphMLで宣言されているDataDictionaryやHeader要素 のXMLschemaもGraphMLのスキーマ内に入れたほうが > >よいかと思いますがどうでしょうか？ > > GraphMLのスキーマに入れるということは、標準と違ってカスタマイズしたい > ということでしょうか。 > > 光永君 > これはどう思いますか。現状は標準のXMLschemaを使っているわけですが、 > GraphMLのスキーマに入れる必要がありますか？ > > > 鷲尾 > > > _______________________________________________ > Musashi-devel mailing list > Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp > http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel > From hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp Wed Aug 25 21:29:37 2004 From: hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp (Yukinobu Hamuro) Date: Wed, 25 Aug 2004 21:29:37 +0900 Subject: [Musashi-devel 55] =?iso-2022-jp?b?UmU6IEFHTSAbJEIkTiVvITwbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJS8lVSUhJSQlaxsoQg==?= In-Reply-To: <200408250721.i7P7LeX89457@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> References: <200408250721.i7P7LeX89457@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> Message-ID: <200408251229.AA01816@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> 羽室です。 了解しました。 Yuki Mitsunaga さんは書きました: >光永です > >返信遅くなりまして申し訳ありません >修正が済み次第ソースのほう送らせて頂きます >少々お待ち下さい > >Yukinobu Hamuro wrote: > >> 鷲尾先生、羽室です。 >> >> 以下の件、了解しました。 >> よろしくお願いします。 >> >> 光永君、 >> メッセージの出力方法ですが、 >> mssShowMsg("this is a message %s,%d",Name,id); >> のような感じでOKです。 >> >> ワークファイルの方ですが、もし単にファイル出力をとめればよいという問題であればよいのですが、 >> プログラム上、それらのファイルを再利用して何かをしているとすると少し手間かもしれません。 >> MUSASHIでの標準ルールでは、ワークファイル名は >> xt##xxx* >> です。 >> xxxの箇所にはプロセス番号が入ります。 >> *はどのような文字でもOKという意味です。 >> 具体的には >> xx##1234-agm-work1 >> などといったファイル名になると思います。 >> sprintf(workFileName,"%s/xx##%d-agm-work1",optTMP.str,getpid()); >> でworkFileNameにファイル名がセットされます。 >> ちなみにoptTMPは-Tのコマンドラインパラメータです。 >> このようにしておけば、 >> プログラムの最後にmssEndをコールした時に、自動的に生成されたワークファイルを消去してくれます。 >> >> よろしくお願いします。 >> >> >> Takashi Washio さんは書きました: >> >羽室先生 >> > >> >鷲尾です。 >> > >> >>AGMはいくつかのファイル(*.disp,*.lwrd,*.nwrd)を出力するようですが、 >> >>これらのファイルは、仕様として出力すべきデータでしょうか？ >> >> >> >>もし出力すべきデータであれば、後に加工が可能なようにXMLもしくはXMLtableで出力すべきと考えます。 >> >>もしワークファイルならば、削除するようにすべきかと思われます。 >> > >> >おっしゃるとおりですね。必要情報はpmmlに出力されるので >> >出力しなくていいと思います。 >> > >> > >> >>たぶん*.disp以外は、単なるワークファイルだと思われますが。。。 >> >>*.dispはコマンドの実行時に出力される途中経過ログと同様の内容だと思われますが、これはmusashiで標準としている標準エラーへのメッセージ出力にすればよい かと >> 思 >> >>われます。 >> >> >> >>例えばxtasruleというコマンドは以下のようなメッセージを標準エラー出力に出力します(2項目目はプロセス番号です)。 >> >>#MSG# 3844 "scanning frequent one item list" >> >>#MSG# 3844 "creating tree" >> >>#MSG# 3844 "outputing result" >> >> >> >>どうでしょうか？ >> > >> >おっしゃるように*.dispは画面や標準出力に出力すべきですね。 >> >ＡＧＭは下手をすると数時間、数日走る場合もあるので、 >> >フリーズしてないかどうか、進行状況を見るためにも、是非画面 >> >出力は残した方が、精神衛生上いいと思います。 >> > >> > >> >上記、よろしければ対応します。 >> > >> >鷲尾 >> > >> > >> > >> >>---- >> >>Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp >> >>_______________________________________________ >> >>Musashi-devel mailing list >> >>Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >> >>http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel >> > >> > >> >_______________________________________________ >> >Musashi-devel mailing list >> >Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >> >http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel >> > >> >> ---- >> Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp >> _______________________________________________ >> Musashi-devel mailing list >> Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >> http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel > > >_______________________________________________ >Musashi-devel mailing list >Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel > ---- Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp From hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp Wed Aug 25 21:29:01 2004 From: hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp (Yukinobu Hamuro) Date: Wed, 25 Aug 2004 21:29:01 +0900 Subject: [Musashi-devel 56] Re: GraphID In-Reply-To: <5.1.1.8.2.20040825145316.00d27d28@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> References: <5.1.1.8.2.20040825145316.00d27d28@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> Message-ID: <200408251229.AA01815@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> 羽室です >GraphLabelを >の定義の下で使うと、GraphLabelが１つのグラフにuniqueに決まる、 >つまり識別ＩＤとして使うということは強制できなくなります。あくまで、 >GraphLabelをどう使うかはユーザーサイドということになります。 >その場合、などの定義が膨大になるか >どうかはユーザー次第ですね。いちいち定義するのがいやでかつ >GraphLabelをＩＤのように使いたいユーザーなら、おっしゃるように >のような使い方をするしかないですね。 >いずれにせよ、graphIdの記述も必要に思います。 はい、graphIDの記述は絶対に必要ですね。 GraphLabelは鷲尾先生のおっしゃるとおり、あくまでもラベルの意味です。ユニークを強制するものではありません。 私が言いたかったことは、DataDictionaryにValueなしのcategoricalの定義も許容してはどうかという提案でした。 ただ、下にありますように、DataDictionaryにoptype="label"という型を追加するならば、 categoricalはValue要素は必須でも問題ないかと思います。 関連することで質問ですが、AGMはDataDictionaryのValueを最初に読み込み、その値に基づいてグラフの読み込みを行っているのでしょうか？ もしDataDictionaryに登録されていないValueがVertexLabelなどに出現したときはどのようになるのでしょうか？ >>ただ、グラフのラベルを以下のような複数のデータ項目でつけたいケースも生じると思われます。 >> >> >> > >おっしゃるとおりで、ユーザがこういうラベルをグラフに付けれる >のは、何かと便利と思います。 > >>また、 >> >>としましたが、C5.0に習って（http://www.rulequest.com/see5-win.html#explicit） >> >>とするほうが誤解がないと思われます。 > >おっしゃる通りですね。"label"にしましょう。 > >鷲尾 > > >_______________________________________________ >Musashi-devel mailing list >Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel > ---- Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp From hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp Wed Aug 25 21:32:20 2004 From: hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp (Yukinobu Hamuro) Date: Wed, 25 Aug 2004 21:32:20 +0900 Subject: [Musashi-devel 57] Re: GraphID In-Reply-To: <001001c489b4$5b3b0650$d26c87d3@daburin> References: <001001c489b4$5b3b0650$d26c87d3@daburin> Message-ID: <200408251232.AA01817@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> 鷲尾先生、光永君、 羽室です。 >おそらく羽室先生がおっしゃっているのは現状のGraphMLのXMLSchemaに >DataDictionaryやHeaderの定義の記述がないと言うことだと思います。 >上の要素についてはPMMLではいろんなモデルについて共通で用いられているタグです >ので >GraphPMMLのXMLSchemaを書く際には省略してたのですが >GraphMLは別のものであるということを考えるとそちらの記述も追加しておいたほう >がよいですね。 >こちらは修正が済み次第またMLに投げたいと思います。 はい、おっしゃるとおりです。 先のメールにも書きましたが、optype="label"などの新しい属性も出てきますので、 完全にPMMLとは分離して考えるべきかと思います。 よろしくお願いします。 >----- Original Message ----- >From: "Takashi Washio" >To: >Sent: Tuesday, August 24, 2004 5:13 PM >Subject: [Musashi-devel 46] Re: GraphID > > >> 羽室先生、光永君 >> >> >>以下、グラフにＩＤだけでなく、グラフそのものにラベル（フィールド名や値） >> >>をつけるということですね。あれば便利と思います。ただこれらは >> >>use="optional"にした方がいいと思います。"value"はtype="xs:string" >> >>としたのは、数字ばかりでなく何でも書けるようにですね？ >> >はい、その通りです。 >> >ただ、問題となってくることは、DataDictionaryの方です。 >> > >> >のように、Valueを伴わないDataFieldはありでしょうか？ >> >もしValueが必須であるとすると、グラフ数と同数のValueを出力する必要がでて >きます。 >> >> えーと、おっしゃっている意味がうまく飲み込めないのですが、 >> この場合、GraphIDではなくGraphLabelを導入する目的が何かのかです。 >> GraphIDをtype="xs:int"ではなくtype="xs:string"にすれば、 >> 文字列のＩＤは付けられますね。GraphLabelを導入するのは >> こういうＩＤの使い方ではなくて、あくまでLabelが欲しいからだと >> 私は理解してました。LabelはIDと違い、各グラフにuniqueである >> 必要はないですね。というかuniqueならIDを使った方がいいので >> はないでしょうか。 >> >> それからvalueが数字なら >> >> というやり方もありますが、おそらくこれは羽室先生が考えておられる >> こととは違うでしょうね。 >> >> >> >これに関連する話ですが、GraphMLで宣言されているDataDictionaryやHeader要素 >のXMLschemaもGraphMLのスキーマ内に入れたほうが >> >よいかと思いますがどうでしょうか？ >> >> GraphMLのスキーマに入れるということは、標準と違ってカスタマイズしたい >> ということでしょうか。 >> >> 光永君 >> これはどう思いますか。現状は標準のXMLschemaを使っているわけですが、 >> GraphMLのスキーマに入れる必要がありますか？ >> >> >> 鷲尾 >> >> >> _______________________________________________ >> Musashi-devel mailing list >> Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >> http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel >> > > >_______________________________________________ >Musashi-devel mailing list >Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel > ---- Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp From mitsunaga ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp Thu Aug 26 11:07:24 2004 From: mitsunaga ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp (Yuki Mitsunaga) Date: Thu, 26 Aug 2004 11:07:24 +0900 Subject: [Musashi-devel 58] Re: GraphID Message-ID: <200408260207.i7Q27GX95200@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> 光永です > 関連することで質問ですが、AGMはDataDictionaryのValueを最初に読み込み、その値に基づいてグラフの読み込みを行っているのでしょうか？ > もしDataDictionaryに登録されていないValueがVertexLabelなどに出現したときはどのようになるのでしょうか？ もともとAGMの入力データのフォーマットは下に書いたもので 新しいラベルが見つかるとラベルをリストに追加していくようになっています GraphML入力の場合もGraphDataタグの中を読み進めながらラベルをリストに追加していっています 今のところDataDictionaryは読み飛ばして整合性などは確認していません undirected graph size(1,6); node(1,1,H); node(1,2,H); node(1,3,C); node(1,4,C); node(1,5,H); node(1,6,H); link(1,1,1,3); link(1,2,2,3); link(1,3,3,4); link(1,4,4,5); link(1,5,4,6); From washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp Thu Aug 26 13:51:51 2004 From: washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp (Takashi Washio) Date: Thu, 26 Aug 2004 13:51:51 +0900 Subject: [Musashi-devel 59] =?iso-2022-jp?b?UmU6IEFHTSAgGyRCJE4lbyE8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJS8lVSUhJSQlaxsoQg==?= In-Reply-To: <200408250721.i7P7LeX89457@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.j p> References: <200408240735.AA01798@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> <200408240735.AA01798@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> Message-ID: <5.1.1.8.2.20040826135126.066ff4f8@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> 光永君 宜しくお願いします。 鷲尾 >修正が済み次第ソースのほう送らせて頂きます >少々お待ち下さい > >Yukinobu Hamuro wrote: > >> 鷲尾先生、羽室です。 >> >> 以下の件、了解しました。 >> よろしくお願いします。 >> >> 光永君、 >> メッセージの出力方法ですが、 >> mssShowMsg("this is a message %s,%d",Name,id); >> のような感じでOKです。 >> >> ワークファイルの方ですが、もし単にファイル出力をとめればよいという問題であればよいのですが、 >> プログラム上、それらのファイルを再利用して何かをしているとすると少し手間かもしれません。 >> MUSASHIでの標準ルールでは、ワークファイル名は >> xt##xxx* >> です。 >> xxxの箇所にはプロセス番号が入ります。 >> *はどのような文字でもOKという意味です。 >> 具体的には >> xx##1234-agm-work1 >> などといったファイル名になると思います。 >> sprintf(workFileName,"%s/xx##%d-agm-work1",optTMP.str,getpid()); >> でworkFileNameにファイル名がセットされます。 >> ちなみにoptTMPは-Tのコマンドラインパラメータです。 >> このようにしておけば、 >> プログラムの最後にmssEndをコールした時に、自動的に生成されたワークファイルを消去してくれます。 >> >> よろしくお願いします。 >> >> >> Takashi Washio さんは書きました: >> >羽室先生 >> > >> >鷲尾です。 >> > >> >>AGMはいくつかのファイル(*.disp,*.lwrd,*.nwrd)を出力するようですが、 >> >>これらのファイルは、仕様として出力すべきデータでしょうか？ >> >> >> >>もし出力すべきデータであれば、後に加工が可能なようにXMLもしくはXMLtableで出力すべきと考えます。 >> >>もしワークファイルならば、削除するようにすべきかと思われます。 >> > >> >おっしゃるとおりですね。必要情報はpmmlに出力されるので >> >出力しなくていいと思います。 >> > >> > >> >>たぶん*.disp以外は、単なるワークファイルだと思われますが。。。 >> >>*.dispはコマンドの実行時に出力される途中経過ログと同様の内容だと思われますが、これはmusashiで標準としている標準エラーへのメッセージ出力にすればよいかと >> 思 >> >>われます。 >> >> >> >>例えばxtasruleというコマンドは以下のようなメッセージを標準エラー出力に出力します(2項目目はプロセス番号です)。 >> >>#MSG# 3844 "scanning frequent one item list" >> >>#MSG# 3844 "creating tree" >> >>#MSG# 3844 "outputing result" >> >> >> >>どうでしょうか？ >> > >> >おっしゃるように*.dispは画面や標準出力に出力すべきですね。 >> >ＡＧＭは下手をすると数時間、数日走る場合もあるので、 >> >フリーズしてないかどうか、進行状況を見るためにも、是非画面 >> >出力は残した方が、精神衛生上いいと思います。 >> > >> > >> >上記、よろしければ対応します。 >> > >> >鷲尾 >> > >> > >> > >> >>---- >> >>Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp >> >>_______________________________________________ >> >>Musashi-devel mailing list >> >>Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >> >>http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel >> > >> > >> >_______________________________________________ >> >Musashi-devel mailing list >> >Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >> >http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel >> > >> >> ---- >> Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp >> _______________________________________________ >> Musashi-devel mailing list >> Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >> http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel > > >_______________________________________________ >Musashi-devel mailing list >Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel From washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp Thu Aug 26 14:04:16 2004 From: washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp (Takashi Washio) Date: Thu, 26 Aug 2004 14:04:16 +0900 Subject: [Musashi-devel 60] =?iso-2022-jp?b?UmU6IEdyYXBoTUwgIBskQj0kGyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCQDUbKEI=?= In-Reply-To: <200408250655.i7P6t4X89266@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.j p> Message-ID: <5.1.1.8.2.20040826140251.00d8fdd0@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> 光永君 >修正版のGraphMLのXMLSchemaを添付しておきます >基本はPMMLの定義を採用して不必要そうなものを削っています >各要素、属性の説明などは下のURLを参照下さい >DataDictionaryについては左からDataDictionaryを選んで参照下さい > >http://www.dmg.org/v2-1/Header.html > >現状ではGraphLabelについては追加していない状態です > >PMMLにModelStatsという統計情報などを記述する要素がありました >GraphMLにもとりあえずStatisticsという要素をいれていますが、これは必要でしょうか？ >現在のところ要素Statisticsの定義についての記述はされていません > >_______________________________________________ >Musashi-devel mailing list >Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel すみません。私は混乱してるのですが、上記のGraphMLの定義ファイルは、 下のメールに関するものでしょうか。時間的には上記の方が下のメールより 早いのですが。下はもう対応が済んでいるということでしょうか？ 鷲尾 >おそらく羽室先生がおっしゃっているのは現状のGraphMLのXMLSchemaに >DataDictionaryやHeaderの定義の記述がないと言うことだと思います。 >上の要素についてはPMMLではいろんなモデルについて共通で用いられているタグです >ので >GraphPMMLのXMLSchemaを書く際には省略してたのですが >GraphMLは別のものであるということを考えるとそちらの記述も追加しておいたほう >がよいですね。 >こちらは修正が済み次第またMLに投げたいと思います。 From washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp Thu Aug 26 14:07:24 2004 From: washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp (Takashi Washio) Date: Thu, 26 Aug 2004 14:07:24 +0900 Subject: [Musashi-devel 61] Re: GraphID In-Reply-To: <200408251229.AA01815@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> References: <5.1.1.8.2.20040825145316.00d27d28@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> <5.1.1.8.2.20040825145316.00d27d28@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> Message-ID: <5.1.1.8.2.20040826140529.0657aa28@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> 羽室先生 >>GraphLabelを >>の定義の下で使うと、GraphLabelが１つのグラフにuniqueに決まる、 >>つまり識別ＩＤとして使うということは強制できなくなります。あくまで、 >>GraphLabelをどう使うかはユーザーサイドということになります。 >>その場合、などの定義が膨大になるか >>どうかはユーザー次第ですね。いちいち定義するのがいやでかつ >>GraphLabelをＩＤのように使いたいユーザーなら、おっしゃるように >>のような使い方をするしかないですね。 >>いずれにせよ、graphIdの記述も必要に思います。 > >はい、graphIDの記述は絶対に必要ですね。 >GraphLabelは鷲尾先生のおっしゃるとおり、あくまでもラベルの意味です。ユニークを強制するものではありません。 >私が言いたかったことは、DataDictionaryにValueなしのcategoricalの定義も許容してはどうかという提案でした。 >ただ、下にありますように、DataDictionaryにoptype="label"という型を追加するならば、 >categoricalはValue要素は必須でも問題ないかと思います。 了解です。これで行けますね。 >関連することで質問ですが、AGMはDataDictionaryのValueを最初に読み込み、その値に基づいてグラフの読み込みを行っているのでしょうか？ >もしDataDictionaryに登録されていないValueがVertexLabelなどに出現したときはどのようになるのでしょうか？ そうです。最初のDataDivtionaryを使います。ですので、 登録されていないVertexLabelやEdgeLabelが来ると エラー処理になります。 鷲尾 >>>ただ、グラフのラベルを以下のような複数のデータ項目でつけたいケースも生じると思われます。 >>> >>> >>> >> >>おっしゃるとおりで、ユーザがこういうラベルをグラフに付けれる >>のは、何かと便利と思います。 >> >>>また、 >>> >>>としましたが、C5.0に習って（http://www.rulequest.com/see5-win.html#explicit） >>> >>>とするほうが誤解がないと思われます。 >> >>おっしゃる通りですね。"label"にしましょう。 >> >>鷲尾 >> >> >>_______________________________________________ >>Musashi-devel mailing list >>Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >>http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel >> > >---- >Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp >_______________________________________________ >Musashi-devel mailing list >Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel From washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp Thu Aug 26 14:09:28 2004 From: washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp (Takashi Washio) Date: Thu, 26 Aug 2004 14:09:28 +0900 Subject: [Musashi-devel 62] Re: GraphID In-Reply-To: <200408251232.AA01817@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> References: <001001c489b4$5b3b0650$d26c87d3@daburin> <001001c489b4$5b3b0650$d26c87d3@daburin> Message-ID: <5.1.1.8.2.20040826140751.00d7b8d8@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> 鷲尾です。先ほど投げたメールに関してですが、 光永君が修正して再度メールするといったのは、 単にPMMLのDataDictionaryやHeaderの定義を GraphMLの定義に含めるだけでなく、optype="label" などを入れた定義を含めるということでしょうか？ 鷲尾 >>おそらく羽室先生がおっしゃっているのは現状のGraphMLのXMLSchemaに >>DataDictionaryやHeaderの定義の記述がないと言うことだと思います。 >>上の要素についてはPMMLではいろんなモデルについて共通で用いられているタグです >>ので >>GraphPMMLのXMLSchemaを書く際には省略してたのですが >>GraphMLは別のものであるということを考えるとそちらの記述も追加しておいたほう >>がよいですね。 >>こちらは修正が済み次第またMLに投げたいと思います。 > >はい、おっしゃるとおりです。 >先のメールにも書きましたが、optype="label"などの新しい属性も出てきますので、 >完全にPMMLとは分離して考えるべきかと思います。 > >よろしくお願いします。 > > > > >>----- Original Message ----- >>From: "Takashi Washio" >>To: >>Sent: Tuesday, August 24, 2004 5:13 PM >>Subject: [Musashi-devel 46] Re: GraphID >> >> >>> 羽室先生、光永君 >>> >>> >>以下、グラフにＩＤだけでなく、グラフそのものにラベル（フィールド名や値） >>> >>をつけるということですね。あれば便利と思います。ただこれらは >>> >>use="optional"にした方がいいと思います。"value"はtype="xs:string" >>> >>としたのは、数字ばかりでなく何でも書けるようにですね？ >>> >はい、その通りです。 >>> >ただ、問題となってくることは、DataDictionaryの方です。 >>> > >>> >のように、Valueを伴わないDataFieldはありでしょうか？ >>> >もしValueが必須であるとすると、グラフ数と同数のValueを出力する必要がでて >>きます。 >>> >>> えーと、おっしゃっている意味がうまく飲み込めないのですが、 >>> この場合、GraphIDではなくGraphLabelを導入する目的が何かのかです。 >>> GraphIDをtype="xs:int"ではなくtype="xs:string"にすれば、 >>> 文字列のＩＤは付けられますね。GraphLabelを導入するのは >>> こういうＩＤの使い方ではなくて、あくまでLabelが欲しいからだと >>> 私は理解してました。LabelはIDと違い、各グラフにuniqueである >>> 必要はないですね。というかuniqueならIDを使った方がいいので >>> はないでしょうか。 >>> >>> それからvalueが数字なら >>> >>> というやり方もありますが、おそらくこれは羽室先生が考えておられる >>> こととは違うでしょうね。 >>> >>> >>> >これに関連する話ですが、GraphMLで宣言されているDataDictionaryやHeader要素 >>のXMLschemaもGraphMLのスキーマ内に入れたほうが >>> >よいかと思いますがどうでしょうか？ >>> >>> GraphMLのスキーマに入れるということは、標準と違ってカスタマイズしたい >>> ということでしょうか。 >>> >>> 光永君 >>> これはどう思いますか。現状は標準のXMLschemaを使っているわけですが、 >>> GraphMLのスキーマに入れる必要がありますか？ >>> >>> >>> 鷲尾 >>> >>> >>> _______________________________________________ >>> Musashi-devel mailing list >>> Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >>> http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel >>> >> >> >>_______________________________________________ >>Musashi-devel mailing list >>Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >>http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel >> > >---- >Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp >_______________________________________________ >Musashi-devel mailing list >Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel From washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp Thu Aug 26 14:17:32 2004 From: washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp (Takashi Washio) Date: Thu, 26 Aug 2004 14:17:32 +0900 Subject: [Musashi-devel 63] Re: GraphID In-Reply-To: <200408260207.i7Q27GX95200@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.j p> Message-ID: <5.1.1.8.2.20040826141506.06a02008@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> 羽室先生 鷲尾です。先ほどのメール取り消します。私の間違いですみません。 光永君のこのメールが正しいです。（インターフェースプログラムを書いた本人ですので） GparhMLとしては書くべきです。特にVertexLabelやEdgeLabelなどは、その種類数が 一般には限られると思うので。。。。 ただしＡＧＭではチェックしてませんので、事前定義されていないラベルでも処理します。 鷲尾 >> 関連することで質問ですが、AGMはDataDictionaryのValueを最初に読み込み、その値に基づいてグラフの読み込みを行っているのでしょうか？ >> もしDataDictionaryに登録されていないValueがVertexLabelなどに出現したときはどのようになるのでしょうか？ > >もともとAGMの入力データのフォーマットは下に書いたもので >新しいラベルが見つかるとラベルをリストに追加していくようになっています >GraphML入力の場合もGraphDataタグの中を読み進めながらラベルをリストに追加していっています >今のところDataDictionaryは読み飛ばして整合性などは確認していません > > >undirected graph >size(1,6); >node(1,1,H); >node(1,2,H); >node(1,3,C); >node(1,4,C); >node(1,5,H); >node(1,6,H); >link(1,1,1,3); >link(1,2,2,3); >link(1,3,3,4); >link(1,4,4,5); >link(1,5,4,6); > >_______________________________________________ >Musashi-devel mailing list >Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel From hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp Thu Aug 26 15:44:03 2004 From: hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp (Yukinobu Hamuro) Date: Thu, 26 Aug 2004 15:44:03 +0900 Subject: [Musashi-devel 64] Re: GraphID In-Reply-To: <5.1.1.8.2.20040826140751.00d7b8d8@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> References: <5.1.1.8.2.20040826140751.00d7b8d8@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> Message-ID: <200408260644.AA01825@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> 羽室です。 はい、optype="label"を採用するなら、含めていただいた方がよろしいかと思います。 Takashi Washio さんは書きました: >鷲尾です。先ほど投げたメールに関してですが、 >光永君が修正して再度メールするといったのは、 >単にPMMLのDataDictionaryやHeaderの定義を >GraphMLの定義に含めるだけでなく、optype="label" >などを入れた定義を含めるということでしょうか？ > >鷲尾 > >>>おそらく羽室先生がおっしゃっているのは現状のGraphMLのXMLSchemaに >>>DataDictionaryやHeaderの定義の記述がないと言うことだと思います。 >>>上の要素についてはPMMLではいろんなモデルについて共通で用いられているタグです >>>ので >>>GraphPMMLのXMLSchemaを書く際には省略してたのですが >>>GraphMLは別のものであるということを考えるとそちらの記述も追加しておいたほう >>>がよいですね。 >>>こちらは修正が済み次第またMLに投げたいと思います。 >> >>はい、おっしゃるとおりです。 >>先のメールにも書きましたが、optype="label"などの新しい属性も出てきますので、 >>完全にPMMLとは分離して考えるべきかと思います。 >> >>よろしくお願いします。 >> >> >> >> >>>----- Original Message ----- >>>From: "Takashi Washio" >>>To: >>>Sent: Tuesday, August 24, 2004 5:13 PM >>>Subject: [Musashi-devel 46] Re: GraphID >>> >>> >>>> 羽室先生、光永君 >>>> >>>> >>以下、グラフにＩＤだけでなく、グラフそのものにラベル（フィールド名や値） >>>> >>をつけるということですね。あれば便利と思います。ただこれらは >>>> >>use="optional"にした方がいいと思います。"value"はtype="xs:string" >>>> >>としたのは、数字ばかりでなく何でも書けるようにですね？ >>>> >はい、その通りです。 >>>> >ただ、問題となってくることは、DataDictionaryの方です。 >>>> > >>>> >のように、Valueを伴わないDataFieldはありでしょうか？ >>>> >もしValueが必須であるとすると、グラフ数と同数のValueを出力する必要がでて >>>きます。 >>>> >>>> えーと、おっしゃっている意味がうまく飲み込めないのですが、 >>>> この場合、GraphIDではなくGraphLabelを導入する目的が何かのかです。 >>>> GraphIDをtype="xs:int"ではなくtype="xs:string"にすれば、 >>>> 文字列のＩＤは付けられますね。GraphLabelを導入するのは >>>> こういうＩＤの使い方ではなくて、あくまでLabelが欲しいからだと >>>> 私は理解してました。LabelはIDと違い、各グラフにuniqueである >>>> 必要はないですね。というかuniqueならIDを使った方がいいので >>>> はないでしょうか。 >>>> >>>> それからvalueが数字なら >>>> >>>> というやり方もありますが、おそらくこれは羽室先生が考えておられる >>>> こととは違うでしょうね。 >>>> >>>> >>>> >これに関連する話ですが、GraphMLで宣言されているDataDictionaryやHeader要素 >>>のXMLschemaもGraphMLのスキーマ内に入れたほうが >>>> >よいかと思いますがどうでしょうか？ >>>> >>>> GraphMLのスキーマに入れるということは、標準と違ってカスタマイズしたい >>>> ということでしょうか。 >>>> >>>> 光永君 >>>> これはどう思いますか。現状は標準のXMLschemaを使っているわけですが、 >>>> GraphMLのスキーマに入れる必要がありますか？ >>>> >>>> >>>> 鷲尾 >>>> >>>> >>>> _______________________________________________ >>>> Musashi-devel mailing list >>>> Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >>>> http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel >>>> >>> >>> >>>_______________________________________________ >>>Musashi-devel mailing list >>>Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >>>http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel >>> >> >>---- >>Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp >>_______________________________________________ >>Musashi-devel mailing list >>Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >>http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel > > >_______________________________________________ >Musashi-devel mailing list >Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel > ---- Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp From hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp Thu Aug 26 15:47:15 2004 From: hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp (Yukinobu Hamuro) Date: Thu, 26 Aug 2004 15:47:15 +0900 Subject: [Musashi-devel 65] Re: GraphID In-Reply-To: <200408260207.i7Q27GX95200@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> References: <200408260207.i7Q27GX95200@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> Message-ID: <200408260647.AA01827@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> 羽室です。 なるほど、GraphDataの方を優先しているのですね。 とりあえずは問題ありませんね。 将来的には整合性もチェックするべきかもしれませんね。 Yuki Mitsunaga さんは書きました: >光永です > >> 関連することで質問ですが、AGMはDataDictionaryのValueを最初に読み込み、その値に基づいてグラフの読み込みを行っているのでしょうか？ >> もしDataDictionaryに登録されていないValueがVertexLabelなどに出現したときはどのようになるのでしょうか？ > >もともとAGMの入力データのフォーマットは下に書いたもので >新しいラベルが見つかるとラベルをリストに追加していくようになっています >GraphML入力の場合もGraphDataタグの中を読み進めながらラベルをリストに追加していっています >今のところDataDictionaryは読み飛ばして整合性などは確認していません > > >undirected graph >size(1,6); >node(1,1,H); >node(1,2,H); >node(1,3,C); >node(1,4,C); >node(1,5,H); >node(1,6,H); >link(1,1,1,3); >link(1,2,2,3); >link(1,3,3,4); >link(1,4,4,5); >link(1,5,4,6); > >_______________________________________________ >Musashi-devel mailing list >Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel > ---- Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp From hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp Thu Aug 26 15:50:26 2004 From: hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp (Yukinobu Hamuro) Date: Thu, 26 Aug 2004 15:50:26 +0900 Subject: [Musashi-devel 66] =?iso-2022-jp?b?UmU6IEdyYXBoTUwgIBskQj0kGyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCQDUbKEI=?= In-Reply-To: <5.1.1.8.2.20040826140251.00d8fdd0@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> References: <5.1.1.8.2.20040826140251.00d8fdd0@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> Message-ID: <200408260650.AA01828@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> 羽室です。 はい、私も少し混乱しているところがあります。 以下を参照いただければ、スレッドで整理されているので多少は助けになります。 http://lists.sourceforge.jp/mailman/archives/musashi-devel/2004-August/thread.html Takashi Washio さんは書きました: >光永君 > >>修正版のGraphMLのXMLSchemaを添付しておきます >>基本はPMMLの定義を採用して不必要そうなものを削っています >>各要素、属性の説明などは下のURLを参照下さい >>DataDictionaryについては左からDataDictionaryを選んで参照下さい >> >>http://www.dmg.org/v2-1/Header.html >> >>現状ではGraphLabelについては追加していない状態です >> >>PMMLにModelStatsという統計情報などを記述する要素がありました >>GraphMLにもとりあえずStatisticsという要素をいれていますが、これは必要でしょうか？ >>現在のところ要素Statisticsの定義についての記述はされていません >> >>_______________________________________________ >>Musashi-devel mailing list >>Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >>http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel > >すみません。私は混乱してるのですが、上記のGraphMLの定義ファイルは、 >下のメールに関するものでしょうか。時間的には上記の方が下のメールより >早いのですが。下はもう対応が済んでいるということでしょうか？ > >鷲尾 > >>おそらく羽室先生がおっしゃっているのは現状のGraphMLのXMLSchemaに >>DataDictionaryやHeaderの定義の記述がないと言うことだと思います。 >>上の要素についてはPMMLではいろんなモデルについて共通で用いられているタグです >>ので >>GraphPMMLのXMLSchemaを書く際には省略してたのですが >>GraphMLは別のものであるということを考えるとそちらの記述も追加しておいたほう >>がよいですね。 >>こちらは修正が済み次第またMLに投げたいと思います。 > > >_______________________________________________ >Musashi-devel mailing list >Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel > ---- Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp From washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp Thu Aug 26 18:09:57 2004 From: washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp (Takashi Washio) Date: Thu, 26 Aug 2004 18:09:57 +0900 Subject: [Musashi-devel 67] Re: GraphID In-Reply-To: <200408260644.AA01825@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> References: <5.1.1.8.2.20040826140751.00d7b8d8@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> <5.1.1.8.2.20040826140751.00d7b8d8@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> Message-ID: <5.1.1.8.2.20040826180855.00cdab90@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> 光永君 鷲尾です。以下の件もGraphMLの定義ファイルに含めてください。 宜しく。 鷲尾 >はい、optype="label"を採用するなら、含めていただいた方がよろしいかと思います。 > > >Takashi Washio さんは書きました: >>鷲尾です。先ほど投げたメールに関してですが、 >>光永君が修正して再度メールするといったのは、 >>単にPMMLのDataDictionaryやHeaderの定義を >>GraphMLの定義に含めるだけでなく、optype="label" >>などを入れた定義を含めるということでしょうか？ >> >>鷲尾 >> >>>>おそらく羽室先生がおっしゃっているのは現状のGraphMLのXMLSchemaに >>>>DataDictionaryやHeaderの定義の記述がないと言うことだと思います。 >>>>上の要素についてはPMMLではいろんなモデルについて共通で用いられているタグです >>>>ので >>>>GraphPMMLのXMLSchemaを書く際には省略してたのですが >>>>GraphMLは別のものであるということを考えるとそちらの記述も追加しておいたほう >>>>がよいですね。 >>>>こちらは修正が済み次第またMLに投げたいと思います。 >>> >>>はい、おっしゃるとおりです。 >>>先のメールにも書きましたが、optype="label"などの新しい属性も出てきますので、 >>>完全にPMMLとは分離して考えるべきかと思います。 >>> >>>よろしくお願いします。 >>> >>> >>> >>> >>>>----- Original Message ----- >>>>From: "Takashi Washio" >>>>To: >>>>Sent: Tuesday, August 24, 2004 5:13 PM >>>>Subject: [Musashi-devel 46] Re: GraphID >>>> >>>> >>>>> 羽室先生、光永君 >>>>> >>>>> >>以下、グラフにＩＤだけでなく、グラフそのものにラベル（フィールド名や値） >>>>> >>をつけるということですね。あれば便利と思います。ただこれらは >>>>> >>use="optional"にした方がいいと思います。"value"はtype="xs:string" >>>>> >>としたのは、数字ばかりでなく何でも書けるようにですね？ >>>>> >はい、その通りです。 >>>>> >ただ、問題となってくることは、DataDictionaryの方です。 >>>>> > >>>>> >のように、Valueを伴わないDataFieldはありでしょうか？ >>>>> >もしValueが必須であるとすると、グラフ数と同数のValueを出力する必要がでて >>>>きます。 >>>>> >>>>> えーと、おっしゃっている意味がうまく飲み込めないのですが、 >>>>> この場合、GraphIDではなくGraphLabelを導入する目的が何かのかです。 >>>>> GraphIDをtype="xs:int"ではなくtype="xs:string"にすれば、 >>>>> 文字列のＩＤは付けられますね。GraphLabelを導入するのは >>>>> こういうＩＤの使い方ではなくて、あくまでLabelが欲しいからだと >>>>> 私は理解してました。LabelはIDと違い、各グラフにuniqueである >>>>> 必要はないですね。というかuniqueならIDを使った方がいいので >>>>> はないでしょうか。 >>>>> >>>>> それからvalueが数字なら >>>>> >>>>> というやり方もありますが、おそらくこれは羽室先生が考えておられる >>>>> こととは違うでしょうね。 >>>>> >>>>> >>>>> >これに関連する話ですが、GraphMLで宣言されているDataDictionaryやHeader要素 >>>>のXMLschemaもGraphMLのスキーマ内に入れたほうが >>>>> >よいかと思いますがどうでしょうか？ >>>>> >>>>> GraphMLのスキーマに入れるということは、標準と違ってカスタマイズしたい >>>>> ということでしょうか。 >>>>> >>>>> 光永君 >>>>> これはどう思いますか。現状は標準のXMLschemaを使っているわけですが、 >>>>> GraphMLのスキーマに入れる必要がありますか？ >>>>> >>>>> >>>>> 鷲尾 >>>>> >>>>> >>>>> _______________________________________________ >>>>> Musashi-devel mailing list >>>>> Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >>>>> http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel >>>>> >>>> >>>> >>>>_______________________________________________ >>>>Musashi-devel mailing list >>>>Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >>>>http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel >>>> >>> >>>---- >>>Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp >>>_______________________________________________ >>>Musashi-devel mailing list >>>Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >>>http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel >> >> >>_______________________________________________ >>Musashi-devel mailing list >>Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >>http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel >> > >---- >Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp >_______________________________________________ >Musashi-devel mailing list >Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel From hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp Fri Aug 27 13:12:42 2004 From: hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp (Yukinobu Hamuro) Date: Fri, 27 Aug 2004 13:12:42 +0900 Subject: [Musashi-devel 68] =?iso-2022-jp?b?UmU6IEFHTRskQiROJW8hPCUvGyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJVUlISUkJWskSyREJCQkRhsoQg==?= In-Reply-To: <200408270333.i7R3XTX05184@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> References: <200408270333.i7R3XTX05184@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> Message-ID: <200408270412.AA01832@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> 光永君、羽室です。 すみません、説明をしてなかったですね。 mssSetOptionの後くらいに、次の二行を入れてください。 mssGV.usedTempFileFlg=1; mssGV.tmpPath=mssStrdup(optWFP.str); このようにしておくと、mssEnd関数が呼ばれた際に mssGV.tmpPathで指定されたディレクトリの下の"xt##プロセス番号*"ファイルが全て消去されます。 うまくいかなければ再度連絡ください。 入出力についてですが、私が引き受けていたことですが、まだ反映できていません（すみません）。 ついでにやっていただければ助かります。 入出力ファイルにワークファイルパスを使うというのは変ですね。 通常、ユーザが-i,-oを指定すると、指定されたファイル名をそのまま利用すべきです。 -i /home/hamuro/aaa.gml などのようにパスが指定されていれば、そのパスにあるデータを使い、 -i aaa.gml のようにパスの指定がなければ、カレントディレクトリのデータを使うというようにすべきです。 agm.cであれば、入力ファイル名はoptINF.strに出力ファイル名はoptOPF.strにセットされます(mssSetOptionにて)。 また、現在のソースではoptINF,optOPFともにオプショナルになっています。 ユーザが指定しなければ標準入出力を利用するようにプログラムする必要があります。 そのコードは次のような感じです(出力についても同様)。 if(optINF.set){ /* -i がコマンドライン上で指定された */ filename=optINF.str; }else{ /* -i がコマンドライン上で指定されなかった */ filename="/dev/stdin"; } ここでは、標準入力に/dev/stdinファイルを用いていますが、これはポータビリティを考えると良くないかもしれません。 XMLのDOMにおけるファイルオープンに、標準のFILE構造体 "stdin"が利用できるなら、そうしたほうがベターですね。 (上記のような記述の方は簡単なので、今回は上記の方法でよいと思います) よろしくお願いします。 Yuki Mitsunaga さんは書きました: >光永です > >わかりやすい解説ありがとうございました >今後はそちらからDLして使わせてもらいます > >一応修正は完了したのですがワークファイルが削除されずに残ってしまいます >原因としては何が考えられるでしょうか？ >現在はワークファイルは xt##24212-nwrd などの名前で出力されています > >もう一つ質問なのですが、現在は入力ファイルと出力ファイルは >カレントディレクトリのものを利用してるのですが >入出力ファイルの両方orどちらかはワークファイルパスで指定された先のものを使ったほうがいいでしょうか？ > >よろしくお願いします > >Yukinobu Hamuro wrote: > >> 光永君、羽室です。 >> >> ソースのダウンロードは、MUSASHIの全CVSをダウンロードすることをお勧めします。 >> というのも、ヘルプファイルの位置などを変更しておりますので。 >> >> 以下のページの下にありますDownload tarball をクリックすればOKです。 >> http://cvs.sourceforge.jp/cgi-bin/viewcvs.cgi/musashi/MUSASHI/ >> >> もしそちらでソースの一部を変更されているようでしたら、そのソースをダウンロードしたソースに上書きしてもらえればOKです。 >> できましたら今後、このようなスタイルをとった方が確実だと思われます。 >> >> 本当ならば、そちらでCVSへのアップロードもやっていただければ完璧なのですが、、、少しややこしいので、 >> 変更ソースもしくはpmmlagmディレクトリのアーカイブを送っていただければOKです。 >> >> ちなみにtarballを展開したあとに、MUSASHIディレクトリの下で >> ./configure >> make >> を実行してください。 >> その後は、dm/pmmlagmディレクトリ内でのみの作業になると思います。 >> >> よろしくお願いします。 >> >> Yuki Mitsunaga さんは書きました: >> >光永です、返信ありがとうございました >> > >> >権限の問題がありましたね、Linux使い慣れてないので忘れていました >> >/tmp に変更されているのを確認しました >> >では今のままでワークファイルの名前だけ変更しておきます >> > >> >一応確認なんですが >> >http://cvs.sourceforge.jp/cgi-bin/viewcvs.cgi/musashi/MUSASHI/dm/pmmlagm/ >> >こちらからソースファイルダウンロードしているんですが、ここであっているでしょうか？ >> > >> >Yukinobu Hamuro wrote: >> > >> >> 光永君、羽室です。 >> >> >> >> 現在の仕様では、ワークファイルはカレントディレクトリに作成されるようになっていますよね？ >> >> ということは、現在のワークディレクトリにライト権限があればよいのですが、なければプログラムは落ちることになります。 >> >> よって、ワークファイルパスは必須になると思います。 >> >> デフォルトで/tmpになるようにこちらで変更したと思います。 >> >> >> >> Yuki Mitsunaga さんは書きました: >> >> >光永です >> >> > >> >> >今コードの変更を行っているのですが >> >> >オプションで指定するようになっていたワークファイルのパスは >> >> >ワークファイルを削除するならなくしてもよいのではないかと思うのですが >> >> >いかがでしょうか？ >> >> > >> >> > >> >> > >> >> >> >> ---- >> >> Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp >> > >> > >> >> ---- >> Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp ---- Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp From mitsunaga ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp Fri Aug 27 13:57:54 2004 From: mitsunaga ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp (Yuki Mitsunaga) Date: Fri, 27 Aug 2004 13:57:54 +0900 Subject: [Musashi-devel 69] =?iso-2022-jp?b?UmU6IEdyYXBoTUwgGyRCPSQbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCQDUbKEI=?= In-Reply-To: <5.1.1.8.2.20040826140251.00d8fdd0@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> References: <5.1.1.8.2.20040826140251.00d8fdd0@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> Message-ID: <200408270457.i7R4vgX05744@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> 光永です GraphML若干修正しましたので送ります 修正点は optypeでlabelを選択できるように変更 Graph要素ないにGraphLabel要素を記述できるように変更 GraphLabelの定義を記述 以上の3点です 不足してる点などみつかりましたらご指摘よろしくおねがいします Takashi Washio wrote: > 光永君 > > >修正版のGraphMLのXMLSchemaを添付しておきます > >基本はPMMLの定義を採用して不必要そうなものを削っています > >各要素、属性の説明などは下のURLを参照下さい > >DataDictionaryについては左からDataDictionaryを選んで参照下さい > > > >http://www.dmg.org/v2-1/Header.html > > > >現状ではGraphLabelについては追加していない状態です > > > >PMMLにModelStatsという統計情報などを記述する要素がありました > >GraphMLにもとりあえずStatisticsという要素をいれていますが、これは必要でしょうか？ > >現在のところ要素Statisticsの定義についての記述はされていません > > > >_______________________________________________ > >Musashi-devel mailing list > >Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp > >http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel > > すみません。私は混乱してるのですが、上記のGraphMLの定義ファイルは、 > 下のメールに関するものでしょうか。時間的には上記の方が下のメールより > 早いのですが。下はもう対応が済んでいるということでしょうか？ > > 鷲尾 > > >おそらく羽室先生がおっしゃっているのは現状のGraphMLのXMLSchemaに > >DataDictionaryやHeaderの定義の記述がないと言うことだと思います。 > >上の要素についてはPMMLではいろんなモデルについて共通で用いられているタグです > >ので > >GraphPMMLのXMLSchemaを書く際には省略してたのですが > >GraphMLは別のものであるということを考えるとそちらの記述も追加しておいたほう > >がよいですね。 > >こちらは修正が済み次第またMLに投げたいと思います。 > > > _______________________________________________ > Musashi-devel mailing list > Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp > http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel -------------- next part -------------- テキスト形式以外の添付ファイルを保管しました... ファイル名: GraphML.lzh 型: application/octet-stream サイズ: 1922 バイト 説明: 無し URL: http://lists.sourceforge.jp/mailman/archives/musashi-devel/attachments/20040827/8c000f29/attachment.obj From washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp Fri Aug 27 16:19:03 2004 From: washio ＠ ar.sanken.osaka-u.ac.jp (Takashi Washio) Date: Fri, 27 Aug 2004 16:19:03 +0900 Subject: [Musashi-devel 70] =?iso-2022-jp?b?UmU6IEdyYXBoTUwgIBskQj0kGyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCQDUbKEI=?= In-Reply-To: <200408270457.i7R4vgX05744@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.j p> References: <5.1.1.8.2.20040826140251.00d8fdd0@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> <5.1.1.8.2.20040826140251.00d8fdd0@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> Message-ID: <5.1.1.8.2.20040827161812.00d220f0@Sp-Moto01.ar.sanken.osaka-u.ac.jp> 光永君 ありがとう。以下、確認しました。 これでいいと思います。 羽室先生 何かあればご指摘ください。 鷲尾 >GraphML若干修正しましたので送ります > >修正点は > >optypeでlabelを選択できるように変更 >Graph要素ないにGraphLabel要素を記述できるように変更 >GraphLabelの定義を記述 > >以上の3点です > >不足してる点などみつかりましたらご指摘よろしくおねがいします > >Takashi Washio wrote: > >> 光永君 >> >> >修正版のGraphMLのXMLSchemaを添付しておきます >> >基本はPMMLの定義を採用して不必要そうなものを削っています >> >各要素、属性の説明などは下のURLを参照下さい >> >DataDictionaryについては左からDataDictionaryを選んで参照下さい >> > >> >http://www.dmg.org/v2-1/Header.html >> > >> >現状ではGraphLabelについては追加していない状態です >> > >> >PMMLにModelStatsという統計情報などを記述する要素がありました >> >GraphMLにもとりあえずStatisticsという要素をいれていますが、これは必要でしょうか？ >> >現在のところ要素Statisticsの定義についての記述はされていません >> > >> >_______________________________________________ >> >Musashi-devel mailing list >> >Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >> >http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel >> >> すみません。私は混乱してるのですが、上記のGraphMLの定義ファイルは、 >> 下のメールに関するものでしょうか。時間的には上記の方が下のメールより >> 早いのですが。下はもう対応が済んでいるということでしょうか？ >> >> 鷲尾 >> >> >おそらく羽室先生がおっしゃっているのは現状のGraphMLのXMLSchemaに >> >DataDictionaryやHeaderの定義の記述がないと言うことだと思います。 >> >上の要素についてはPMMLではいろんなモデルについて共通で用いられているタグです >> >ので >> >GraphPMMLのXMLSchemaを書く際には省略してたのですが >> >GraphMLは別のものであるということを考えるとそちらの記述も追加しておいたほう >> >がよいですね。 >> >こちらは修正が済み次第またMLに投げたいと思います。 >> >> >> _______________________________________________ >> Musashi-devel mailing list >> Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >> http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel > >_______________________________________________ >Musashi-devel mailing list >Musashi-devel ＠ lists.sourceforge.jp >http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/musashi-devel From hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp Tue Aug 31 11:08:31 2004 From: hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp (Yukinobu Hamuro) Date: Tue, 31 Aug 2004 11:08:31 +0900 Subject: [Musashi-devel 71] MUSASHI-1.0.4 Message-ID: <200408310208.AA01868@hayabusa.adm.osaka-sandai.ac.jp> まちのさん、羽室です。 ご無沙汰しております。 ご教授いただきたいことがあります。 そろそろMUSASHI-CORE-1.0.4をリリースしようと思っているのですが、 ２つの問題が出てきています。 １．コマンドラインの引数処理にgetopt_longを用い、"--xxx"といった引数にも対応するように変更しました。 しかしながら、Solarisではそのような関数は標準ライブラリに登録されておらず困っております。 またネットで見るとFreeBSDにも実装されていないようです。 何かよい方法はないでしょうか？ マルチプラットフォームへの対応は、1.0.3の時もそうでしたが、非常に骨の折れる仕事で、参っております。。。 ２．こちらの開発環境をRHL9.0に変えたことにより、configure.inを変更しなければなりませんでした(autotoolのバージョンUPによるレガシーな文法の変更)。 しかしながら、少なくともCygwinでは素直にはコンパイルできなくなりました。ただし./configureの前にautoreconfを実行すれば、いくつかのWarningは出るものの、 コンパイルはOKのようです。 現在のバージョンを添付します。 Vineではどうでしょうか？ よろしくお願いします。 ---- Yukinobu Hamuro hamuro ＠ adm.osaka-sandai.ac.jp -------------- next part -------------- テキスト形式以外の添付ファイルを保管しました... ファイル名: musashi-core-1.0.4-pre2.tar.gz 型: application/octet-stream サイズ: 993738 バイト 説明: 無し URL: http://lists.sourceforge.jp/mailman/archives/musashi-devel/attachments/20040831/c948dbb3/attachment.obj