PCサイト->携帯変換

このスクリプトが“変換”するのはHTMLとテキストと静止画だけです。3GPP（に限らずすべての動画）は変換しません。なのでこのスクリプトに3GPPファイルのURLが渡されれば、当然もれなく「変換対象外です」メッセージが表示されます。

「見ることができるようにした」というのはConfig.inc.phpの「拡張子によるMIMEタイプの強制割り当て」のところに3GPPの拡張子とMIMEタイプを追加したということでしょうか？
この設定は、これで変換されるようになるわけではなく、その説明文にある通り、拡張子に対して間違ったMIMEタイプが設定されているウェブサイトで余計なデータを読み込まないようにするためだけのものです。

もしご自身のサイトをこのスクリプトで変換表示していて、そこに3GPPファイルへのリンクがあるなら、そのままでは3GPPファイルもこのスクリプトが変換しようとして、「変換対象外です」メッセージが表示されてしまいます。
これを避けるには、3GPPファイルには直接（このスクリプトを介さず）アクセスさせるようにサイトのHTMLのほうを変更いただく必要があります。この手順は以下の「ページの任意の箇所を変換対象外とする」に記載しています。
http://www.rcdtokyo.com/pc2m/note/archives/i000050.php#remain

もしAVIやFlashなど、3GPP/3GPP2ではない動画を3GPPに変換したいということであれば、あいにくそれはこのスクリプトの機能ではありませんので、別のアプリケーションやサービスを探してください。