「babfe8c... Optimized ltj-pretreat.lua and updated test12-ltjtarticle.tex.」における ltj-pretreat.lua の変更を revert しました．
とりあえず欠けなくなりました． アルファベット中で小文字の h だけ出なくなっていたのがどういう理由なのか，不思議です．
h だけ別のコード領域 (U+210E Planck constant) だったはずです．
完了としておきます．
unicode-math 2015/09/24 v0.8c に上げると，文字が欠ける問題が再発しました． 気付いてからも調査するのをサボっていて報告が遅くなってしまったのですが， 今回も LuaTeX-ja と組み合わせると起こる問題のようです．
再現コードは昨年のもの（このチケット冒頭）と同じです．
まだ実際にコードを書いて実験してはいませんが，おそらく，https://github.com/wspr/unicode-math/commit/2c15d551ccad1ac8c67c8bce70d83350602b174c で \__um_cs_set_eq_active_char:Nw （lltjp-unicode-math はこいつをパッチしている）を使わなくなったことによるものだと思います．
commit 5a3c83b で直してみたつもりですが，どうでしょう？（コミットと同じ lltjp-unicode-math.sty を添付しています）
h7k への返信
\__um_cs_set_eq_active_char:Nw （lltjp-unicode-math はこいつをパッチしている）を使わなくなったことによるものだと思います．
ちょうどそのあたりを調査しているところでした．ありがとうございます． 5a3c83b で問題なくなりました．(v0.8b, v0.8c の両方とも大丈夫．)
「集い」も近いし，\zh 周りの typo も見つかった（修正済み）ので，明日リリースするつもりです．
Fork
「babfe8c... Optimized ltj-pretreat.lua and updated test12-ltjtarticle.tex.」以降において，luatexja と unicode-math を同時に読み込むと， 数式モード中の文字が欠ける現象が起きます．
\documentclass{ltjarticle} \usepackage{unicode-math} \begin{document} $abcdefghijklmnopqrstuvwxyz$ % h が欠ける $ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ$ % OK h\textit{h}\textbf{h\itshape h} % OK $\cdots\vdots\ddots\cdot$ % 出ない \end{document}