Toshiaki Katayama
ktym****@hgc*****
2011年 5月 17日 (火) 15:38:55 JST
みなさま 2011/8/1-11 に京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンターで開催される、 進化系統解析の夏季トレーニングコース ComPhy 2011 のお知らせです。 ウェブサイトはこちら↓ http://academy.nescent.org/wiki/ComPhy パンフレットはこちら↓ http://academy.nescent.org/wiki/File:Comphy11-flyer-v5.pdf すでに英文でのアナウンスが行われていますが、まだまだ日本国内からの参加者が 少ないとのことですので、適当な意訳と共にあらためてご紹介させていただきます。 複数お受け取りになられた方、どうぞご容赦ください。 申し込み締切が 5/31 となっていますので、お早めにご検討頂ければと思います。 片山 俊明＠なりゆきでオーガナイザーに巻き込まれている -- 東京大学 医科学研究所 ヒトゲノム解析センター ゲノムデータベース分野 ============================================= ------ COMPUTATIONAL PHYLOINFORMATICS ------- ---- August 1 2011 through August 11 2011 --- - Bioinformatics Center of Kyoto University - ---- Application Deadline: May 31, 2011 ---- Computational Phyloinformatics (ComPhy 2011) は、系統解析に必要な知識と 技術を 11日間のトレーニングで実践的に身につける講習会です。これまでに アメリカ・ヨーロッパ・中国で開催され、好評を博してきた実績があります。 今年は、米国の National Evolutionary Synthesis Center (NESCent)、 京都大学、生命情報工学研究センター、統合データベースセンターの協力によって、 京都大学のバイオインフォマティクスセンターで開催されることになりました。 * ComPhy 2011 http://academy.nescent.org/wiki/ComPhy 期間は 8月1日(月)〜11日(木) で、7/26-30 に京都で開催される Society for Molecular Biology and Evolution (SMBE 2011 http://smbe2011.com/) の すぐ後の日程となります。 ComPhy 2011 の講義は英語で行われますが、 * Bio::Phylo http://www.biomedcentral.com/1471-2105/12/63 * Archaeopteryx http://www.phylosoft.org/archaeopteryx/ などの開発者から直接、基礎から応用まで指導を受けることができます。 残念ながら 8/1-2 に東京で開催される Young Researchers Conference on Evolutionary Genomics (http://www.e-genomics.org/) とは日程が重なって しまいましたが、進化系統解析の実践的な手法を身につけたい方にとっては またとない機会ですので、ぜひご参加頂ければと思います。 概要 系統進化学では、これまでにない大規模なデータセット、複雑な進化モデルや 解析手法が使われるようになってきています。多くの場合、デスクトップPCで 出来合いのプログラムを実行すればデータを解析できますが、 インターネット上のサービスやデータベースに対応する、解析パイプラインを作る、 解析をカスタマイズする、PCクラスタで並列計算する、といった場面で スクリプトを書く必要に迫られることも増えてきています。 このトレーニングコースは、大学院生、ポスドク、大学教員、そして系統遺伝学の 研究者に向けて開催されるもので、Perl や SQL を系統解析のワークフローや アプリケーションで利用する方法を、実際に手を動かしながら学ぶことができます。 トレーニングコースは４つのパートに分かれています： * パート１： Perl のチュートリアル（オブジェクト指向プログラミングとパッケージの作成を含む） * パート２： BioPerl と Bio::Phylo の導入と利用（例：巨大な系統樹を推定、モデル検定の自動化、 ゲノム規模でのデータマイニングとデータ取得、supertree assembly, rate smoothing and branch calibration, tree traversal など） * パート３： BioRuby の利用 - 分子進化と機能ゲノミクス（例：scripting multiple sequence alignment, gene duplication inference, tree inference など） * パート４： SQL の導入とデータベースデザイン - computing and querying nested sets and transitive closure; querying both large trees (e.g. NCBI) and large collections of trees (e.g. TreeBASE). 参加者は、基本的な系統解析と比較解析のスクリプトを書く方法、NEXUS ファイルの パース、ツリーの探索と計算、系統解析ライブラリの使用方法を学ぶことができます。 これらの技術は、巨大なデータセットの解析、スーパーツリー計算の自動化、 系統樹のセットからトポロジカルなパターンを検索、などのトピックを通じて 生物学的な例をもとに実践的に身につけることができます。 持参して頂いたコンピュータに実習に必要なソフトウェアをインストールしますので、 トレーニングコース終了後も、解析のワークフロー構築など、自分の研究でそのまま 利用することができます。また、参加者は詳細な手順・問題集・例などが書かれた 50ページを超える Wiki 上の教科書をいつでも参照することができます。 講師 Christian Zmasek, Rutger A. Vos, William H. Piel 参加申込期限 2011年5月31日 参加費 \40,000 (~$500) なお、本トレーニングコースは講師の方々がボランティアで実施されるもので、 講師の旅費などの実費を参加費として徴収しています（参加人数が増えれば ディスカウントされるかもしれません）。参加者の旅費・宿泊費・食費などは 含まれておりませんので、各自で手配をお願いします。 アジア・太平洋地域の学生さんには The Asia-Pacific Bioinformatics Network (APBioNet) からの助成があるそうです。直接 Dr. Asif Khan さん APBioNet Secretariat: asif -$- bic.nus.edu.sg (replace -$- with @) までお問い合わせください。 参加者の前提条件 生物学： A good understanding of phylogenetics – for example, having already taken the Workshop on Molecular Evolution (http://www.molecularevolution.org/) or equivalent coursework or experience. 情報科学： Prior experience with Perl or careful study of the suggested reading materials in advance of the class (see web site). Participants should have some experience with basic Unix shell commands. 機材：参加者は Mac OSX か Linux のコンピュータを持参してください。 無理な場合には会場の iMac を使うこともできますが、データを持ち帰るために USB の HDD を用意しておくとよいでしょう。 --- COMPUTATIONAL PHYLOINFORMATICS August 1 2011 through August 11 2011 Bioinformatics Center of Kyoto University Application Deadline: May 31, 2011 Computational Phyloinformatics is an 11-day international course (August 1-11, 2011) co-organized by the Computational Biology Research Center (CBRC/AIST), the Bioinformatics Center of Kyoto University, the Database Center for Life Science (DBCLS/JST), and the National Evolutionary Synthesis Center (NESCent). This course, which will take place at Kyoto University directly following the SMBE Meeting (http://smbe2011.com/), aims to give participants practical knowledge and hands-on skills in phyloinformatics. The venue in Kyoto is completely unaffected by the unfortunate events in Fukushima and the power shortages in Tokyo. We encourage biologists from other countries to participate in the SMBE meeting and/or this special international course, in solidarity with the scientific community of Japan in their effort to return to normalcy and to help minimize any negative impacts that the earthquake may have on scientific activities in Japan. SYNOPSIS Biologists are faced with ever-larger datasets, more complex evolutionary models, and increasingly elaborate analytical methods. Seldom is it sufficient to run a dataset with an off-the-shelf program on a desktop PC; increasingly, biologists need to write scripts to interface with internet services and databases, build analytical pipelines, customize analyses, and distribute computation over multiple processors. This course is designed for graduate students, postdocs, faculty, and researchers in phylogenetics interested in receiving practical, hands-on training in the use of Perl and SQL for workflows and applications in phyloinformatics. The course is divided into four parts: PART I: A tutorial review of Perl, including object oriented programming and building packages. PART II: Introduction and practical use of BioPerl and Bio::Phylo, (e.g. scripting for large tree inference engines, automating model testing, genomic-scale data mining and acquisition, supertree assembly, rate smoothing and branch calibration, tree traversal, etc). PART III: Introduction and practical use of BioRuby for molecular evolution and functional genomics (e.g. scripting multiple sequence alignment, gene duplication inference, tree inference, etc.). PART IV: Introduction to SQL and database design; computing and querying nested sets and transitive closure; querying both large trees (e.g. NCBI) and large collections of trees (e.g. TreeBASE). Participants will learn how to write basic phylogenetic or comparative analysis scripts, parse NEXUS files, traverse and compute over trees, and make practical use of phylogenetic software libraries. These skills will be learned in a biological context, touching on a diverse array of topics such as analysis of large datasets, automation of supertree assembly, querying for topological patterns in large collections of trees, etc. Participants will leave the course with a full set of installations and libraries on their computer ready to build phyloinformatic workflows for their own research projects, as well as continued access to a 50+ page wiki "textbook" containing step-by-step instructions, problem sets, and examples. INSTRUCTORS AND COURSE ORGANIZERS Christian Zmasek, Karen Cranston, Rutger A. Vos, Susumu Goto, Toshiaki Katayama, William H. Piel APPLICATION DEADLINE May 31, 2011 TUITION \40,000 (~$500) Participants are responsible for their own travel costs, including transportation and accommodation -- see the website for more information. International participants will benefit by combining attendance with the 2011 SMBE meeting. A limited number of travel scholarships from NESCent are available for US-based students. Preference will be given to students from under-represented minorities. SUBSIDIES AND SCHOLARSHIPS A limited number of travel scholarships from NESCent are available for US-based students. Preference will be given to students from under-represented minorities. The Asia-Pacific Bioinformatics Network (APBioNet) is happy to provide travel assistance for a limited number of students/early career researchers from the Asia-Pacific region. Applicants are requested to contact Dr Asif Khan, APBioNet Secretariat: asif -$- bic.nus.edu.sg (replace -$- with @) for details. PREREQUISITES BIOLOGY: A good understanding of phylogenetics – for example, having already taken the Workshop on Molecular Evolution (http://www.molecularevolution.org/) or equivalent coursework or experience. COMPUTING: Prior experience with Perl or careful study of the suggested reading materials in advance of the class (see web site). Participants should have some experience with basic Unix shell commands. EQUIPMENT: Participants are expected to bring their own Mac OSX computer or a LINUX computer, else they will be provided with an iMac. Participants who cannot bring their own computer and will be using a supplied iMac, should consider bringing their own portable firewire/usb drive so that they can also leave the course with a full suite of phyloinformatic software tools.
